記錄下下載過程裙犹，為自己和后人避坑。
1.Conda連接不上鏡像源問題
首先是anaconda安裝軟件或創(chuàng)建環(huán)境時遇到的問題拿穴。即使換完清華源和其他鏡像源以后依舊報錯削彬。
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi
嘗試了很多方法：換源全庸，刪除.condarc中的default等，都不行融痛。最后嘗試了鏡像源中壶笼，將https改為為http! 成功了。奇怪的是另一臺服務(wù)器我用的conda完全一樣的配置雁刷，用https也可以覆劈。這種事情很神奇，也有可能就是網(wǎng)絡(luò)的問題安券。
具體可參考：
Anaconda建立新的環(huán)境墩崩，出現(xiàn)CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url ...... 解決過程
Anaconda3-更換為清華源后依舊報錯CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED
2. aspera不能再獨立使用
aspera下載速度很快，網(wǎng)上很多教程統(tǒng)統(tǒng)用不了侯勉，原因就是ncbi的ftp中的sra/sra-instant已經(jīng)移除了。所以铝阐，當(dāng)你看到類似的教程：ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l 200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra ~/data/址貌，請忽略它。
我嘗試了其他幾個ftp站點徘键，也找不到sra-instant地址练对。
3.使用prefetch搭配aspera
退而求其次的方法，就是用prefetch吹害。但需要注意prefetch和aspera的版本螟凭，最新版本的prefetch用不了aspera。
我這里安裝sratools 2.9.6 它呀，可以源碼下載螺男，解壓即可（已編譯）。也可以用conda指定版本：
conda install sra-tools=2.9.6 -y
aspera的安裝纵穿，同樣可源碼下隧，下載地址：IBM Aspera Connect
我這里選擇3.10.1.0，解壓sh運(yùn)行即可谓媒，默認(rèn)安裝在家目錄以隱藏目錄存在：
也可用anaconda安裝：
conda install -c hcc aspera-cli
#可指定版本
conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7
4. prefetch下載方法
安裝好以后淆院，直接用prefetch下載單個sra文件，或者下載文件列表句惯。最好指定下載目錄土辩，prefetch默認(rèn)下載在home/user/ncbi/public/sra中（會自動新建）支救，home目錄空間太小，不建議拷淘。
#單個sra
prefetch SRR8956151 -O ./
# 批量
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt -O ./
SRR_Acc_List.txt文件的尋找也比較麻煩：
prefetch會自動調(diào)用aspera的ascp各墨。
下載的速度還是很快的，一個文件一分鐘左右：
雖然prefetch會自動調(diào)用ascp辕棚，但由于網(wǎng)速等原因欲主，有時也會出現(xiàn)timeout，特別是大文件下載逝嚎，出現(xiàn)類似process failed while waiting process - ascp failed with 1的錯誤扁瓢，這時最好是指定ascp：
prefetch -t ascp -a "/home/user/.aspera/connect/bin/ascp|/home/user/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List.txt -O ./
http://www.reibang.com/p/d1abdced8bcd
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