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rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件，將rmats分析的結(jié)果，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...

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DNA通過(guò)轉(zhuǎn)錄种柑，控制著mRNA的合成，而mRNA是蛋白質(zhì)合成的模板匹耕，它決定了蛋白質(zhì)的序列結(jié)構(gòu)聚请、功能等信息。把mRNA看作一種語(yǔ)言稳其，它由4種不同堿基的核苷酸組成（A驶赏、U、C既鞠、G...

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問(wèn)題的描述 RSEM 是典型的基于轉(zhuǎn)錄本定量的方法煤傍，它的比對(duì)需要下載參考轉(zhuǎn)錄本的fa序列，與基因組比對(duì)不同嘱蛋，轉(zhuǎn)錄本比對(duì)往往是一個(gè)基因?qū)?yīng)多個(gè)轉(zhuǎn)錄本序列蚯姆，因此相同基因的不同轉(zhuǎn)錄...

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Fastq格式文件儲(chǔ)存了生物序列的信息及其質(zhì)量信息凶伙。以電腦中的一個(gè)文件的為例 1 格式說(shuō)明 第一行：必須@開(kāi)頭郭毕，緊跟唯一的序列的ID標(biāo)識(shí)符，后面可跟其他描述性內(nèi)容函荣，但序列ID...

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不一定显押，不同開(kāi)發(fā)者的定義不同链韭。 早上爬樓看到這個(gè)問(wèn)題： 各位有個(gè)基礎(chǔ)問(wèn)題我不是很明白，SAM文件中的MAPQ map質(zhì)量等于255究竟是什么意思煮落，網(wǎng)上查了好多，包括官網(wǎng)的解釋...

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泊松分布 泊松分布是統(tǒng)計(jì)與概率中重要的離散分布之一踊谋，泊松分布表示在一定的時(shí)間或空間內(nèi)出現(xiàn)的事件個(gè)數(shù)蝉仇，比如某一服務(wù)設(shè)施在一定時(shí)間內(nèi)受到的服務(wù)請(qǐng)求的次數(shù)、DNA序列的變異數(shù)殖蚕、汽車...

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使用corrplot包繪制相關(guān)性圖 加載所需R包 基本使用 使用示例

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寫在前面的廢話 注釋文件的格式已經(jīng)被各種教程講爛了害驹，那我肯定不能這么俗套。所以咱們今天只談風(fēng)花雪月蛤育，不講具體格式…… 搞NGS宛官，注釋文件是我們經(jīng)常需要用到的。但是不同的實(shí)驗(yàn)室...

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1.數(shù)據(jù)集的導(dǎo)入以及自變量和因變量的選取 作為機(jī)器學(xué)習(xí)的入門知識(shí)點(diǎn)和模型底洗，網(wǎng)上有很多sklearn庫(kù)實(shí)現(xiàn)線性回歸的例子。不過(guò)在這里我會(huì)從最開(kāi)始的模型訓(xùn)練到最后的模型調(diào)優(yōu)咕娄，統(tǒng)一...

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01.targetscan預(yù)測(cè)miRNA原理 TargetScan 基于序列互補(bǔ)原則，找到比對(duì)到靶 3'UTR 的保守性 8 mer圣贸、7 mer 或 6 mer 位點(diǎn)（see...

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轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/170.html 有趣的小故事 美國(guó)作家Shel Silverstein有一篇經(jīng)典的圖畫寓言---《缺失的一角...

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1.前言 目的：調(diào)整由于技術(shù)挚歧，如處理、上樣旁趟、預(yù)分昼激、儀器等造成的樣本間誤差。這實(shí)際上是一種數(shù)據(jù)縮放的方法锡搜。一般在一個(gè)表達(dá)矩陣中橙困，會(huì)涉及到多個(gè)樣本，其表達(dá)量差異比較大耕餐，不能直接進(jìn)...

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GATK官方提供了一個(gè)SNP過(guò)濾的標(biāo)準(zhǔn)凡傅，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來(lái)過(guò)濾簡(jiǎn)化基因組中的SNP數(shù)據(jù)，也就是...