安裝本地blast序列比對軟件，我們可以搜索一個查詢序列定制數(shù)據(jù)庫，例如想研究一個新測序的基因組，或者感興趣的一組蛋白質(zhì)序列。有時我們希望把程序插入到一個流程中，例如搜索一個...
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linux BLAST序列比對
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seqkit：fasta/fastq序列統(tǒng)計小工具幫助文檔 https://bioinf.shenwei.me/seqkit/[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/] 安裝我直接使用conda安...
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轉(zhuǎn)錄組測序6-基因GO、KEGG垢揩、GSEA富集
轉(zhuǎn)錄組測序是最常用的組學(xué)實驗，對全譜基因定量敛瓷，找到差異表達基因叁巨。RNAseq涉及到原始數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)控呐籽，基因組比對锋勺，差異基因鑒定，差異基因功能富集分析狡蝶，重要基因如轉(zhuǎn)錄因子激酶的...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.4下游分析之DEseq2包差異分析基于上游分析獲得表達矩陣后庶橱，就可以進行差異分析了，最基礎(chǔ)的莫過于利用DEseq2包尋找差異基因贪惹。學(xué)習(xí)自b站視頻生信技能樹轉(zhuǎn)錄組視頻~ 0苏章、數(shù)據(jù)準備及前處理 由于目前在家不方便...
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「蛋白注釋」- 批量InterProScan注釋
Mar 20,2020 更新！ 什么是InterProScan數(shù)據(jù)庫 InterPro provides functional analysis of proteins by...
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基于blast進行GO功能注釋
目前GO注釋主要分為兩種方法奏瞬，其一枫绅，序列相似性即blast，其二丝格，結(jié)構(gòu)域相似性比對（InterProsScan）撑瞧，該方法在前面也提及過棵譬，本文就blast進行簡要概述 所需文件...
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測序組裝與基因注釋軟件
零显蝌、相關(guān)概念 一、數(shù)據(jù)質(zhì)控控制 二、 kmer基因組評估 三曼尊、基因組拼接 第四步酬诀、評估組裝結(jié)果 五、基因注釋
