首先介紹fastq的格式和fasta的格式： fastq是測(cè)序所得的文件，其內(nèi)部含有對(duì)每一個(gè)堿基進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估的值： 第一行：測(cè)序的index；第二行：該index下測(cè)出的序列...
IP屬地：江西
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Perl語(yǔ)言---批量將fastq格式轉(zhuǎn)換為fasta格式 -
如何快速下載NCBI上的各個(gè)物種參考基因組我們用普通的瀏覽器的方法下載非常慢： 此時(shí)下載速度非常慢贺纲，而且很容易下載中斷弦牡，報(bào)錯(cuò)钉凌。 那怎么快速下載呢定续？ 我們只需要進(jìn)入NCBI的FTP： 我們只需要復(fù)制鏈接地址到迅雷等專業(yè)...
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批量下載文獻(xiàn)的參考文獻(xiàn)
1浪腐、復(fù)制參考文獻(xiàn)信息脊岳，每條參考文獻(xiàn)單獨(dú)列一段逝段。 2、借助citation-finder網(wǎng)站（http://git.macropus.org/citation-finder/[...
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Awk的一般功能2---Read數(shù)的篩除Awk作為linux內(nèi)置的文本數(shù)據(jù)處理工具割捅，具有簡(jiǎn)單迅速的特點(diǎn)奶躯，在處理上萬(wàn)行數(shù)據(jù)時(shí)，其相對(duì)于EXCEL具有優(yōu)勢(shì)突出亿驾，因此我們?cè)谵D(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的最后一步嘹黔，將Read count...
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如何保證發(fā)表SCI文章中的圖片分辨率？一莫瞬、在進(jìn)行組學(xué)測(cè)序以后儡蔓，公司會(huì)將分析后的數(shù)據(jù)的表格以及對(duì)應(yīng)的圖片如火山圖、熱圖疼邀、維恩圖以及因子圖等打包發(fā)給你喂江，如這樣： 二、然而當(dāng)你發(fā)表文章的時(shí)候旁振，雜志社針對(duì)圖片又給了你這樣...
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生活中的一些小發(fā)現(xiàn)1-鍵盤打字不知道大家打字的時(shí)候有沒(méi)有遇到過(guò)右手明顯沒(méi)有左手靈活的情況 特別是在鍵入鍵盤符號(hào)那一部分內(nèi)容的時(shí)候获询，輸入用的右手很容易脫離標(biāo)準(zhǔn)輸入手型而轉(zhuǎn)為“二指禪”涨岁。 其實(shí)出現(xiàn)這方面問(wèn)題主...
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不好意思，事物繁忙吉嚣，已將label free的全部參數(shù)文件.xml上傳并分享卵惦。
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？
蛋白組：大批量的對(duì)樣本中的蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析瓦戚。 一沮尿、原理： 1. 目標(biāo)蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進(jìn)行水解，生成肽段混合物较解。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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@梓_f473 請(qǐng)到軟件官網(wǎng)畜疾，查看軟件說(shuō)明，下機(jī)后符合軟件的loading file應(yīng)該都可以用吧印衔，這個(gè)我真不知道啡捶。
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？
蛋白組：大批量的對(duì)樣本中的蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析奸焙。 一瞎暑、原理： 1. 目標(biāo)蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進(jìn)行水解，生成肽段混合物与帆。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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你是指提交以后的.sh文件會(huì)報(bào)錯(cuò)了赌，運(yùn)行不下去嗎？那大概率是你還不熟悉軟件命令和參數(shù)玄糟，你寫在.sh文件中的軟件的命令和參數(shù)不對(duì)勿她，注意空格、-以及各種細(xì)節(jié)阵翎。
1逢并、你可以新建一個(gè).sh文件，這個(gè)文件共5行郭卫，編輯成：
#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64
print “hello world\n”
2砍聊、使用命令sbatch test.sh提交。
3贰军、使用命令tail -f slurm-xxx.out查看slurm-xxx.out文件中是否有hello world出現(xiàn)玻蝌，如果有，那么證明你提交作業(yè)的方式?jīng)]問(wèn)題
4谓形、如果你將軟件的命令替換了print “hello world\n”而運(yùn)行不下去的話灶伊，則說(shuō)明你軟件的命令和參數(shù)輸入有問(wèn)題
PS：
1、這里你要注意你用的超算的作業(yè)管理系統(tǒng)是否和我寫的一樣寒跳，不同的作業(yè)管理系統(tǒng)的命令也不一樣聘萨，不正確的提交方式，會(huì)報(bào)錯(cuò)童太。當(dāng)驗(yàn)證完你的作業(yè)提交方式?jīng)]問(wèn)題后米辐；
2胸完、你可以先在你自己的電腦上安裝一個(gè)linux虛擬機(jī)，在虛擬機(jī)中安裝自己使用的軟件翘贮，驗(yàn)證軟件的命令是否正確赊窥，然后再在超算上運(yùn)行。linux常規(guī)操作簡(jiǎn)明手冊(cè)(基于北京超級(jí)云計(jì)算中心)
1. 查看Linux內(nèi)核版本命令： 2. 查看Linux系統(tǒng)版本的命令 3. 新建文件和新建文件夾狸页、移動(dòng)文件锨能、打開(kāi)目錄 4. 查看文件夾 5. 刪除文件夾、文件以及md5值檢...
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關(guān)于數(shù)據(jù)為什么取log作圖芍耘？這里給出三張圖可以直觀的看出： 1. 不做處理 **2. 進(jìn)行l(wèi)og2(FPKM+1) ** 無(wú)論是取log還是+1都是為了作圖方便址遇，更好的表示數(shù)據(jù)內(nèi)容。
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Linux工具之a(chǎn)wk的一般功能awk對(duì)于我來(lái)說(shuō)強(qiáng)大的功能在于：當(dāng)處理超過(guò)5萬(wàn)行的EXCEL數(shù)據(jù)斋竞，Windows頻繁卡死的情況下倔约，在基于linux上的awk處理只需要兩秒。它可以跨越一些EXCEL的短板坝初，鑒...
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perl語(yǔ)言---從參考蛋白庫(kù)中提取指定序列需求： PS：綠色部分為蛋白的名稱等信息浸剩，后面的黑色部分為對(duì)應(yīng)序列 我想把其中的某個(gè)蛋白信息連同它的序列提取出來(lái)，變成這樣： 我想要的蛋白序列 這里介紹兩種方法： 第一個(gè)方法...
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@Cheung_b9ae 「mqpar.xml」https://www.aliyundrive.com/s/J2vb15Xat9a 提取碼: ez04
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么鳄袍？
蛋白組：大批量的對(duì)樣本中的蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析绢要。 一、原理： 1. 目標(biāo)蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進(jìn)行水解畦木，生成肽段混合物袖扛。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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蛋白質(zhì)組學(xué)簡(jiǎn)介Introduction 蛋白質(zhì)組(proteome)是一個(gè)組織或細(xì)胞基因組中所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)的總和。蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics)最初由澳大利亞學(xué)者Williams ...
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蛋白組分析---用Persues進(jìn)行后續(xù)分析1. 上文中十籍，我們用Maxquant軟件分析了.raw數(shù)據(jù)，最終得到了個(gè)txt命名的文件唇礁，長(zhǎng)這樣： 2. 接下來(lái)勾栗，我們下載并打開(kāi)Persues軟件： 3. 我們導(dǎo)入剛剛的文件...
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蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？蛋白組：大批量的對(duì)樣本中的蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析盏筐。 一围俘、原理： 1. 目標(biāo)蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進(jìn)行水解，生成肽段混合物琢融。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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MaxQuant的Linux試運(yùn)行
前言 MaxQuant免費(fèi)不開(kāi)源界牡，相對(duì)其他各大廠商壟斷的軟件來(lái)說(shuō)，實(shí)在是良心軟件漾抬，尤其對(duì)labelfree數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性和蛋白鑒定數(shù)都有較好的優(yōu)勢(shì)宿亡。缺點(diǎn)也是很明顯，Linux不友...
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關(guān)于組學(xué)分析中的各種P值的一些見(jiàn)解說(shuō)起P值纳令，我們首先需要知道： 一. 什么檢驗(yàn)方法能得到P值挽荠？ 各種檢驗(yàn)方法如：方差分析克胳、卡方分布、t檢驗(yàn)以及Z檢驗(yàn)等 二. 檢驗(yàn)方法是用來(lái)干什么的圈匆？ 假設(shè)檢驗(yàn)是用來(lái)判斷樣本與...
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全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過(guò)對(duì)已有參考序列（...
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linux常規(guī)操作簡(jiǎn)明手冊(cè)(基于北京超級(jí)云計(jì)算中心)1. 查看Linux內(nèi)核版本命令： 2. 查看Linux系統(tǒng)版本的命令 3. 新建文件和新建文件夾漠另、移動(dòng)文件、打開(kāi)目錄 4. 查看文件夾 5. 刪除文件夾跃赚、文件以及md5值檢...