genes19.bed genesX.bed 想問如何得到一個非模式物種的bed文件替梨，而且，為什么這里要分成兩個呢椅亚？另外在提取非模式物種bed文件的時候，要考慮正負(fù)鏈問題嗎舱污？
使用deeptools生成ChIP-seq信號熱圖與譜圖整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具什往。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...
首先是方法的選擇慌闭”鹜基于距離的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution驴剔，最小進(jìn)化法）和NJ（Neighbor-Joining省古，鄰接法）等。其他的幾種方法包括M...
問題：在主機(jī)IP絮缅、用戶名、密碼沒有輸入錯誤的前提下呼股，X-shell登陸服務(wù)器失敗報錯：Connection failed解決（如果使用的是動態(tài)IP耕魄，極有可能就是這個原因了）：...
從基因組注釋中提取轉(zhuǎn)錄因子 字符串find使用+異常值處理 今天又寫了一個小腳本，從基因組的注釋文件中篩選所有可能的轉(zhuǎn)錄因子彭谁，方法是以DNA binding的GO號及關(guān)鍵詞'...
和Mr. Tan約的這兩天要聊一下課題的吸奴，但是他太忙了，其實(shí)我也沒有準(zhǔn)備好缠局，分析數(shù)據(jù)则奥，總是有點(diǎn)著急，需要反復(fù)折騰甩鳄。最近聽開言英語逞度，有個主題倒是吸引了我“Are you bus...
疑案1 更新了R版本到3.6.0后额划，使用了一下發(fā)現(xiàn)有些包用不了妙啃，就刪除了。重新使用R-3.4.3，就總會有這樣的報錯揖赴，雖然能夠運(yùn)行成功馆匿，但總是出現(xiàn)這個（刷屏的那種出現(xiàn)），也不...
Linux 由于服務(wù)器上已經(jīng)安裝有Blast+燥滑，所以就沒有安裝的步驟啦渐北！目的：將候選基因的ID轉(zhuǎn)換成另一參考基因組的ID準(zhǔn)備文件：候選基因氨基酸序列--target.fast...
由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的擬南芥注釋信息，這個包又確實(shí)好用铭拧，所以想辦法安裝赃蛛，期間遇到了很多問題，現(xiàn)在也算是順利安裝上了搀菩，記錄一下...
在R-3.4.3版本中呕臂，這次重新安裝總是報錯： 其實(shí)之前是真的已經(jīng)載入了的，目前也不知道什么原因肪跋。 由于get了新技能歧蒋，發(fā)現(xiàn)Rstudio中可以切換新舊版本，切換版本后要退出...
常見報錯-1 解決方案：盡管R這樣提示州既，但是不影響這個包的使用谜洽。因此是可以繼續(xù)用的，只是它會有這樣的提示而已吴叶。出現(xiàn)這種警告的原因是自己電腦上的R版本不是最新的了阐虚，需要更新。如...
原文來源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
