Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件碑定，與其他同功能的軟件相比精钮，在速度快的前提下，準確性也很高。那么车份，Kraken究竟是如何做到的...
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Kraken的原理淺析 -
Seurat: FindNeighbors() & FindClusters()
https://juejin.cn/post/7171032224890880007[https://juejin.cn/post/7171032224890880007]h...
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單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細胞分析實錄(2): 使...
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單細胞實戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細胞類型注釋單細胞數(shù)據(jù)標準分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
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空間轉(zhuǎn)錄組的幾個分析要點及經(jīng)典文獻分享作者岂傲，Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運用方向：轉(zhuǎn)錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細胞類型組成子檀；第二類問題與細胞相互作用有關(guān)镊掖；最后可以幫助闡明...
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三種空間組學數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂乃戈？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學習空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手亩进？今天症虑，我們就和大家一起來學習多種類型...
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表達數(shù)量性狀位點（eQTL）的概念及其相關(guān)分析
表達數(shù)量性狀位點（expression quantitative trait locus, eQTL）是一類能夠影響基因表達量的遺傳位點（大部分都是單核苷酸多態(tài)性，SNP）归薛，...
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transvar變異坐標轉(zhuǎn)換 - Linux篇坐標轉(zhuǎn)換困境 一些公開發(fā)表的論文中及很多數(shù)據(jù)庫中經(jīng)常提到變異谍憔，一般變異的表現(xiàn)形式有三種：1）基因組坐標：2）cDNA 坐標；3）蛋白氨基酸坐標主籍。舉個例子TP53上的某個變異的...
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當紅辣子雞-空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞轉(zhuǎn)錄組的整合分析（上篇）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展史 如果說最近什么最紅火习贫，那一定是奧運會，今年的奧運會從開始到現(xiàn)在就一直吸引著國人的注意千元，奧運會的精彩讓我差點...
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【小工具】按比例截取fastq數(shù)據(jù)量
生信需求： 你有fastq文件苫昌，想按照5%，10%幸海，20%祟身，40%，60%涕烧，80%月而，截取fastq的數(shù)據(jù)量，或按照固定一個自定義比例截取數(shù)據(jù)量议纯。 特點與功能： 1父款，隨機截取，...
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STOmics-seq：Stereopy教程（二）本期內(nèi)容展示Stereopy的Cell Bin的處理瞻凤，即bin1的時候的教程 一憨攒、代碼教程 1、讀取數(shù)據(jù)生成 StereoExpData 對象 2阀参、質(zhì)控 3肝集、過濾，根據(jù)QC部...
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STOmics-seq：Stereopy教程（一）一蛛壳、背景介紹 大家其實對華大測序的原理什么的都知道杏瞻，但是以下概念是比較重要的，什么是DNB衙荐，bin捞挥，我們怎么選擇binsize的大小等問題就至關(guān)重要了。首先解釋以下DNB和b...
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時序RNA-Seq差異表達分析軟件比較提到RNA-Seq差異表達分析忧吟，人們首先想到的是兩個實驗條件下的差異表達砌函，比如說癌組織與癌旁等。但有時候研究人員想要探究某種實驗處理方法在不同時間下對目標產(chǎn)生的影響，就會出現(xiàn)...
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運行Rmarkdown的一個報錯讹俊，關(guān)于pandoc
使用Rmarkdown生成html文件非常實用垦沉，但是如果在Rstudio進行的話會有一段時間不能操作界面。今天我嘗試在linux系統(tǒng)用R命令行進行這個步驟仍劈，使用如下命令： 但...
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NCBI官方基因組坐標轉(zhuǎn)換工具(二)不同版本基因組坐標的轉(zhuǎn)換厕倍，常用的方法有： 1. NCBI的 Remap 參見上一篇文章 ： http://www.reibang.com/p/41e5280f59c3 2....
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三代變異檢測操作說明-DeepVariant
作者：Charon審稿：童蒙編輯：amethyst 眾所周知，三代測序的單堿基測序錯誤率遠遠高于二代測序贩疙，PB的單堿基錯誤率有10-15%绑青，而ONT也有5-20%[1]，那么...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝屋群、配置和使用
軟件說明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件闸婴，但是相關(guān)的配置比較困難。這次我們使用conda進行安裝芍躏，可以跳過繁瑣的環(huán)境配置過程邪乍。http://asia.ensembl...
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converting a hg19 refGene.txt to GTF
ref:Genes in gtf or gff format - genomewiki 1. Download your gene set of interest for h...
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python-docx改變表格字體大小
最近在嘗試用python來自動從csv文件獲取數(shù)據(jù)并生成word報告。遇到的一個問題是表格字體太大对竣，想要縮小庇楞。爬網(wǎng)半天，找到的中文資料要么沒怎么提及否纬，要么說中文沒法設(shè)置字體大...