基因家族擴張或收縮租幕,進化樹1[http://www.reibang.com/p/8c6ef557cc71?from=singlemessage] 2[https://ww...
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寫在前面 沒想到斤葱,上個選修課威始,準備示例數(shù)據(jù)和鏡像上丽猬,竟然花了我三四天....主要原因還是戒良,「網速太差」魏宽。搞七搞八庶灿,終于搞定。盡管整完之后窄做,我其實擔心學生拿到這個使用文檔也不知...
enrichplot包實現(xiàn)了幾種可視化方法來幫助解釋富集結果愧驱。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...
blast本地數(shù)據(jù)庫構建已經是一個很繁瑣的事情了椭盏,比對NT或NR數(shù)據(jù)庫還是會遇到各種問題:廢話少說组砚,先記錄一下本地構建BLAST數(shù)據(jù)庫: 下載安裝BLAST+的過程,并添加環(huán)...
文章僅是記錄自己的學習使用掏颊,有錯誤請指出糟红,我立刻改正! 官方說明:https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
基因組組裝完成后,或者是完成了草圖盆偿,就不可避免遇到一個問題掩蛤,需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型陈肛,有三種策略: 從頭注釋(de novo prediction...
目錄寫在前面功能注釋數(shù)據(jù)庫介紹方法一: 以KEGG的注釋結果為主, 篩選出每個品種包含的特異通路及基因方法二: 利用pfam的注釋結果, 過濾掉每個品種具有相同結構域的基因,...
Contigs/Scaffolds序列經基因預測、ORF開放閱讀框識別(Open Reading fr ame)和蛋白翻譯之后兄裂,就可以進行功能注釋分析了句旱。我們將基因/蛋白序列...
富集分析經常做,之前只知道GO term有從上到下的層次關系晰奖,今天才知道KEGG pathway也有類似的分層關系谈撒。 起因是我準備更新一下自己的kegg富集結果展示圖,之前一...