Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3护戳、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能伪煤，...
IP屬地：黑龍江
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使用Pysam操作BAM文件
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Linux查看服務(wù)器內(nèi)存浩考、磁盤屠缭、cpu掘猿、網(wǎng)絡(luò)占用笆呆、端口占用情況
1、查看物理CPU個數(shù)：cat cat /proc/cpuinfo | grep "physical id" | sort | uniq | wc -l 2侨拦、查看服務(wù)器CPU...
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使用trim_galore對數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制-過濾寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.reibang.com...
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bowtie序列比對軟件的使用（2019.4.19）
Bowtie是一個超級快速的殊橙，較為節(jié)省內(nèi)存的短序列拼接至模板基因組的工具。它在拼接35堿基長度的序列時狱从，可以達(dá)到每小時2.5億次的拼接速度蛀柴。Bowtie并不是一個簡單的拼接工...
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使用「語雀」搭建個人博客
[https://www.yuque.com/yuque] 原文地址：https://www.yuque.com/2book/soft/awxuwy[https://www....
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No.1 第三代測序單分子熒光測序之Pacbio 測序原理
測序原理：邊合成邊測序 測序特點： 1. 四色熒光基團 分別將四色熒光基團標(biāo)記在脫氧核苷酸的磷酸基團的末端。當(dāng)堿基配對完成之后矫夯，隨著磷酸基團的掉落而掉落鸽疾，并且不會影響后續(xù)的測...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對）训貌，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR制肮。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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GEO2R的limma差異分析流程【芯片microarray數(shù)據(jù)】附limma+RNAseq參考學(xué)習(xí)GEO提供的GEO2R在線差異分析工具使用的代碼流程递沪。筆記里的代碼在理解每一步的基礎(chǔ)上豺鼻，部分做了修改。但大致思路不變款慨，即使用limma包對芯片測序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析(暫...
