最近想將單細(xì)胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)還到H5AD格式酪耳,但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯芙扎。這里記錄一下解決的方案攀芯。 直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯 Error in assay.group...
最近想將單細(xì)胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)還到H5AD格式酪耳,但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯芙扎。這里記錄一下解決的方案攀芯。 直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯 Error in assay.group...
常用的細(xì)胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]:是公開的人工校正的阳准,儲存受體模蜡、配體以及兩種相互作用...
最近開發(fā)了一個R包蚓炬,enONE(https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細(xì)胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
Geneformer 是一個基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型画切,訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官。Geneformer可以用于細(xì)胞水平的分...
scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程长踊。 環(huán)...
一、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息列敲,多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生阱佛。其中,基因集分析(Gene Set Analysis...
關(guān)于sva包 sva的用戶說明:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
本文簡單介紹幾種重抽樣方法 (in R)戴而。 Permutation[#permutation] Bootstrap[#bootstrap] Jackknife[#jackkn...