開(kāi)篇先看個(gè)風(fēng)險(xiǎn)森林圖吧~~ 1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.挑選感興趣的基因構(gòu)建coxph模型 出自文章Integrated genomic analysis identifies s...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
-
機(jī)器學(xué)習(xí)之隨機(jī)森林 -
DAY10 生信技能樹(shù)-數(shù)據(jù)挖掘第三期學(xué)習(xí)筆記Ruizheng 的學(xué)習(xí)筆記 感謝 生信技能樹(shù) 小潔老師 繼續(xù)DAY9 的tips 1. 用limma包進(jìn)行差異分析靶衍，要確保 group_list 和 exp 輸入沒(méi)錯(cuò)剃袍。 ...
-
GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題氮双，說(shuō)感覺(jué)這個(gè)熱圖很詭異间狂，然后中間我自己沒(méi)有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量卷仑，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)姐浮，導(dǎo)致一開(kāi)始的deg的logFC都沒(méi)有達(dá)到正負(fù)1的浩嫌，最重要...
-
下載bioconductor的包掉坑總結(jié)
下載bioconductor的包一直用的是三部曲策略杂拨，但是最近問(wèn)題不斷专普，才知道人家已經(jīng)更新?lián)Q代了，現(xiàn)在只需要兩步就可以了弹沽，而且在這個(gè)出坑的同時(shí)也發(fā)現(xiàn)在bioconductor...
-
GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（一）尋找共同差異基因在使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）中我們使用的是芯片的原始數(shù)據(jù)（即*.cel文件）進(jìn)行分析檀夹，但在大部分情況下我們是可以利用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的表達(dá)矩陣來(lái)進(jìn)行數(shù)...
-
使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）1、下載安裝R相關(guān)包 GEOquery 是 NCBI 存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)化的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù) GEO 的接口程序策橘。 2炸渡、下載芯片數(shù)據(jù) 教程中我們使用 Dr Andrew ...
