本文并非教程沪铭，只是總結一下日常學習的經驗篓跛。因為本人也是小白隙姿，難免會有錯誤，歡迎各位交流指正捎迫。 https://github.com/zichner/primerDesign大...
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PrimerDesign使用總結
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Python如何成為科研效率的倍增器
究竟為什么要學編程武鲁，可能每個人在行動之前都會有這樣的疑問灭翔。因為炫酷，可以裝逼嗅回，熒幕上的黑客都帥呆了及穗；因為潮流，整個社會都在宣傳學編程绵载，各種廣告鋪天蓋地埂陆，再不學就out了。誠然...
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art-illumina模擬測序1.安裝軟件及下載基因組數(shù)據(jù) 1.1 下載art-illumina測序軟件 鏈接 1.2 下載基因組數(shù)據(jù) 從genome下載基因組序列娃豹，解壓（釀酒酵母YJM1338） 2.模...
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一文看懂病原微生物檢測（下篇）
作者：biofan審稿：童蒙編輯：amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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實驗技術（2）——引物設計相關【進入正題】 前面提到的幾個探究蛋白互作相關的實驗焚虱，其實第一步都需要構建合適的質粒，那么就少不了設計靠譜的引物了懂版。 通常來說鹃栽，引物的設計需要遵守一些基本的原則。這些原則很細躯畴，...
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多個轉錄變體間保守序列的查找使用熒光定量PCR進行真核物種的基因表達量研究時谍咆，經常會遇到這樣一個問題：有些基因經常存在多個轉錄變體，我該使用哪個轉錄本的序列進行引物的設計呢私股？ 1 什么是轉錄變體 要搞清...
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病原微生物檢測引物及探針設計
最近在搞一個PCR法病原微生物檢測產品的引物及探針設計項目倡鲸，在進行調研初步了解后，發(fā)現(xiàn)此項目重難點在于序列數(shù)據(jù)庫構建及模板序列的挖掘黄娘。 序列數(shù)據(jù)庫構建主要是因為數(shù)據(jù)量...
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如何利用NR庫快速進行物種鑒定
作者：charon審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在做基因或者蛋白質功能注釋的時候，NR數(shù)據(jù)庫包含非常重要的信息誓焦。但是有沒有人跟我一樣遇到相同的苦惱胆敞，就是在運行的時候...
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更新NT數(shù)據(jù)庫的二三事最近被要求更新一下NT數(shù)據(jù)庫，然后踩了好多坑杂伟，想記錄下來移层，避免以后再犯。 首先去官網(wǎng)上直接下載nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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探針尋找之旅（9）——BWA-aln比對短序列探針到基因組
BWA-aln簡介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner）赫粥，是一款將DNA序列mapping到參考基因組上的軟件观话，能夠將差異度較小的序列比對到一個較大的參考基...
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如何在blast結果中添加詳細的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細的信息越平，添加種屬信息很簡單频蛔，只要結果里生成XML格式灵迫，之后轉化成xls格式就O...
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論引物特異性的重要性利凑，順便帶你看懂花花綠綠的結果寫在前面 常做分子實驗的小伙伴們，一定都離不開引物設計嫌术，其重要性我相信不用多說哀澈。而在我們設計引物的過程中，引物的特異性往往決定PCR的產物是否有雜帶度气，從而影響下游實驗割按，直接影...
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根據(jù)引物定位PCR產物序列及基因組位置查閱文獻或者專利時，有一個序列是你非常需要磷籍，但是相關文獻/專利只提供了相關引物以及該引物所在基因名适荣，并沒有提供可擴增得到的具體序列以及位置信息，當然可以進行PCR實驗擴增出目...
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用blast進行短序列（20nt左右）的搜索
一句話概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了院领。 這段時間用blastn比較多弛矛，所以遇到這個問題...
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本地化BLAST+進行目標序列比對舉個栗子??： 最近對擬南芥中的一個叫做CBF的基因非常感興趣，現(xiàn)在我想看看這個CBF基因在一個新測序的物種Am基因組上是否存在比然，Am中有幾個CBF基因丈氓？這樣的查找可以通過本地...
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ARGs-OAP: 抗性基因在線分析工具ARGs_OAP_v2.0（步驟1）：https://github.com/biofuture/Ublastx_stageoneARGs-OAP在線分析網(wǎng)站（步驟2）： ht...
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TCGA+biomarker——決策曲線分析法（DCA）
DCA曲線簡介 DCA是一種評估臨床預測模型、診斷試驗和分子標記物的簡單方法强法。傳統(tǒng)的診斷試驗指標如：敏感性万俗，特異性和ROC曲線下面積僅測量預測模型的診斷準確性，未能考慮特定模...
