java -Xmx30g -jar /data/01/user158/kuangzhuoran/software/snpEff/snpEff.jar -v carmeli j...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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使用snpEff統(tǒng)計被注釋為同義突變和非同義突變的SNP的數(shù)量
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關(guān)于多基因組CRE-orthologues鑒定
對于多基因組CRE鑒定，文獻(xiàn)給予了方法电爹， To identify orthologues of the 52,169 sugar glider candidate cis-r...
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Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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「基因組」基因組補gap軟件
最近看到的一些T2T補gap軟件軟件： softwareDownloadTimeArticleJournalquarTeThttps://github.com/aaranyu...
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統(tǒng)計基因長度的方法
fasta格式是一種基于文本用于表示核酸序列或多肽[https://baike.baidu.com/item/%E5%A4%9A%E8%82%BD/1511295?fromM...
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記錄odgi 用法
odgi 把GFA文件按染色體拆分 odgi 提取PGGB泛基因組子圖 gfabase 提取MC泛基因組子圖 坐標(biāo)系轉(zhuǎn)換 gfa 有路徑信息和Node信息恢筝，有時候為了研究需要...
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【基因組——天麻】天麻基因組揭露植物適應(yīng)異養(yǎng)
Mycoheterotrophs（真菌異養(yǎng)型植物）：植物和真菌的共生大概開始于450百萬年前哀卫。真菌異養(yǎng)是一種特殊的植物-真菌共生類型，植物從共生真菌獲得固定碳和其他營養(yǎng)物質(zhì)滋恬，...
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利用單拷貝直系同源基因蛋白序列做分歧時間樹
if [ -f "./env.sh" ]; then source ./env.sh else echo "env.sh file not in current direct...
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有一個問題聊训，就是orthofinder找到的單拷貝太少了抱究，有木有什么方法把多拷貝種相似度最高的挑選出來作為單拷貝呢
比較基因組學(xué)分析1：構(gòu)建單拷貝基因樹
比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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根癌農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化的原理及應(yīng)用農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化技術(shù)是指將目的基因插入到經(jīng)過改造的T-DNA區(qū)恢氯，借助農(nóng)桿菌的感染實現(xiàn)外源基因向植物細(xì)胞的轉(zhuǎn)移與整合，然后通過細(xì)胞和組織培養(yǎng)技術(shù)，再生出轉(zhuǎn)基因植株的技術(shù)勋拟。 Ti ...
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查看p的基因有沒有突變
1. RNAseq回帖到CDS序列 2. 2代數(shù)據(jù)回帖到基因組序列 將對應(yīng)的cds/rna.bam和gene_genome.fa/gene_genome.bam拖入到geni...
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2024-03-29基因型分布畫出箱線圖標(biāo)注顯著性GWAS分析后勋磕，顯著性的SNP，我們想把不同的分型在群體里面的表型進(jìn)行可視化敢靡，現(xiàn)在最流行的方法是箱線圖+散點圖+顯著性標(biāo)識挂滓，類似的圖片如下： 上面A、B啸胧、C是三種基因型赶站，比如...
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全長轉(zhuǎn)錄組 | 三代全長轉(zhuǎn)錄組分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant今天我們介紹一款使用三代全長轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本注釋和定量的工具 - IsoQuant[https://www.nature.com/articles/s41587-022-...