背景 上次選擇了一個新開發(fā)的跨平臺歸一化工具 MatchMixeR张漂，（失敗了）跑揉，但是在文章里發(fā)現(xiàn)作者把自己的工具與已有的工具進行比較直撤，順藤摸瓜發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了很多類似的工具职恳。 “...
IP屬地：上海
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【搬磚】整理datasets——去除批次效應 -
什么是RIN值沈跨？樣本提取是實驗關鍵一環(huán)量九，沒有好的樣本黍檩，一切數(shù)據(jù)就猶如沒有地基的大廈申钩，蓋得越高次绘，傾覆的概率就會越大！所以開展好一個實驗撒遣，首先要從評價核酸質(zhì)量是否達標開始邮偎，RIN值是樣本檢測中比...
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轉(zhuǎn)錄組RNA-SEQ上游分析2020安裝配置conda 使用清華源下載sh腳本并安裝 下載完成后直接運行腳本文件bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。需要輸入yes然后等...
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篩檢和診斷實驗的區(qū)別篩檢實驗和診斷實驗的區(qū)別 篩檢（screening） 通過快速的檢驗义黎、檢查或其他措施禾进，將可能有病但表面上健康的人，同那些可能無病的人區(qū)別開來廉涕。 篩檢不是診斷實驗泻云，僅是一種初步...
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繼續(xù)來看pheatmap那些有趣的事情劉小澤寫于2020.5.18上次看了熱圖如何去掉聚類樹的同時保留聚類的順序 ，有朋友留言給出了其他的解決方法狐蜕，非常感謝宠纯！文中會給出答案另外，這次還是帶著數(shù)據(jù)层释，去看看pheat...
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徒手學習facets CNV分析結(jié)果Copy number variation analysis - facets facets 是存儲在 GitHub 上的R包婆瓜。 factes 的開發(fā)基于 ASCN(all...
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突變分析神器: 有一堆基因變異位點SNP，?你可以分析點什么
如果你做了全基因組湃累、全外顯子組或者targeted sequencing勃救，拿到了一堆基因變異位點（SNP）碍讨，下一步你該分析點什么？ 如果還沒有頭緒蒙秒，你可以認識一下這個神器：m...
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「熱圖」ComplexHeatmap展示單細胞聚類實用Seurat自帶的熱圖函數(shù)DoHeatmap繪制的熱圖勃黍，感覺有點不上檔次，于是我嘗試使用ComplexHeatmap這個R包來對結(jié)果進行展示晕讲。 個人覺得好的熱圖有三個要素...
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生物基礎知識-CDS覆获、ORF、啟動子瓢省、終止子弄息、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)勤婚，一般是先在DNA序列中...
