前一篇推送已經(jīng)與大家分享了這篇發(fā)表在Nature Plants上的關(guān)于小麥再生的文章账月。涉及的生信分析非常豐富科乎，其比較重要的是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子的分析扫步。所以這次推送就其中重要的幾項(xiàng)轉(zhuǎn)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
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生信分析：轉(zhuǎn)錄因子分析-NP-小麥再生 -
差異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)-Co-expression networks寫(xiě)在前面棚愤，這篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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利用HOMER預(yù)測(cè)目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項(xiàng)）關(guān)于查找motif缤弦，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測(cè)谢鹊。我所在的實(shí)驗(yàn)室通常使用FIMO（MEME套件里的一個(gè)），但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個(gè)軟件拓萌，并且不乏一些影響因子很高...
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day27 ChIP-seq 對(duì)peak進(jìn)行注釋R語(yǔ)言ChIPseeker包學(xué)習(xí)linux常用命令岁钓，并且實(shí)戰(zhàn)ChIP-seq已經(jīng)一個(gè)月了。現(xiàn)在需要用R包ChIPseeker進(jìn)行注釋微王，發(fā)現(xiàn)R已經(jīng)忘了大半屡限。補(bǔ)課R語(yǔ)言。炕倘。對(duì)peak的注釋分為兩個(gè)部分——結(jié)...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹(shù)健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來(lái)源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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使用R包ChIPseeker實(shí)現(xiàn)對(duì)ChIP-seq peaks的注釋ChIP-seq試驗(yàn)普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用钧大。例如最常見(jiàn)的，期望獲得某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的功能罩旋，查看它結(jié)合到哪些基因啟動(dòng)子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄啊央，以及更高級(jí)的分析識(shí)別該轉(zhuǎn)錄因...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測(cè)可能的開(kāi)放染色質(zhì)位點(diǎn)...
