這個世界流行離開虱痕，但我們卻不擅長告別
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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R語者小case之——R語言模擬雙骰兒游戲雙骰兒是一種常見的概率游戲凑兰，玩家同時投擲兩個骰子闹啦，正面數(shù)字之和滿足某種給定的條件即贏或者輸挠进。 假設(shè)規(guī)則是擲出2或者11智蝠，贏得投入的兩倍；擲出3奈梳，5或者12杈湾，投入就成肉包子打狗...
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R語者小case之——從KEGG原始網(wǎng)頁批量生成通路的基因表格
我們經(jīng)常要用到KEGG數(shù)據(jù)庫來對基因做功能分析。經(jīng)常有長得好看的朋友問：如何獲得整個通路的基因信息攘须？ 其實我們有多種方法可以獲得通路中所有的基因情況漆撞，本文通過KEGG的原始網(wǎng)...
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R語者小case之——從GTF文件生成注釋表格做基因ID轉(zhuǎn)換
基因的注釋表格是經(jīng)常需要用到的，可以從GTF文件中獲得于宙。用R可以簡單地實現(xiàn)這個功能浮驳。 簡易的GTF文件實際上可以認(rèn)為是用制表符分隔為9列的TSV。第一列是seqid, 通常是...
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R語者小case之——巧用table函數(shù)做多變量分類統(tǒng)計表中記錄了兩家醫(yī)院在多年間分娩的產(chǎn)婦使用某種藥物的信息捞魁。要求計算出使用藥物的產(chǎn)婦的比例至会，繪制成如下的圖。 我們知道table函數(shù)的基本功能谱俭，如這里的table(df$"yea...
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R語者小case之——從簡歷文字生成履職表
簡單材料： 陳*先生：1965年出生奉件，中國國籍，無永久境外居留權(quán)昆著，本科學(xué)歷县貌。1985年7月至1995年2月，任安徽省安慶市宿松財政局公務(wù)員凑懂；1995年3月至1997年2月煤痕，擔(dān)...
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bedtools bamToFastq
如何從BAM文件中提取fastq
雖然高通量測序分析最常用的操作是將fastq比對到參考基因組得到BAM文件跑揉，但偶爾我們也需要提取BAM文件中特定區(qū)域中fastq锅睛。最開始我認(rèn)為這是一個非常簡單的操作埠巨，因為sa...
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應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因历谍，常見的方法就是BLAST+BLAST2GO现拒， 或者...
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OrthoFinder尋找同源基因并建樹（2）上一步我們已經(jīng)獲得了我們用來構(gòu)樹的同源基因集印蔬，這里就用這些基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。我們所需的單拷貝基因和對應(yīng)的每個Orthogroups的具體信息在SingleCopyOrtho...
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enrichplot||基因富集結(jié)果可視化解決方案enrichplot包實現(xiàn)了幾種可視化方法來幫助解釋富集結(jié)果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)捐韩、clusterProfiler (Yu et al. 201...
