使用軟件SMRTlink 9轉(zhuǎn)換笛求。 PacBio官網(wǎng)下載SMRTlink 9国瓮， https://downloads.pacbcloud.com/public/software...
發(fā)簡(jiǎn)信
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pacbio 的bam文件轉(zhuǎn)成fasta文件
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MEME Motif分析的并行運(yùn)算
MEME 安裝 我的一些基本環(huán)境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依賴 / MPICH安裝 若需要并行計(jì)算的話，在安裝MEME之前特占，需要...
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運(yùn)行及結(jié)果Ka & Ks 計(jì)算下游畫(huà)圖腳本最后 MCScanX有兩個(gè)主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線性(collin...
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16s—β多樣性分析（R畫(huà)三維PCoA圖）一、β多樣性分析的概念 Beta多樣性指的是樣本間多樣性云茸。在腸道菌群分析中是目，Beta多樣性是衡量個(gè)體間微生物組成相似性的一個(gè)指標(biāo)。通過(guò)計(jì)算樣本間距離可以獲得β多樣性計(jì)算矩陣标捺，...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導(dǎo)讀 利用富集分析懊纳，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)亡容。而不是說(shuō)BAX嗤疯、BID、ABL1闺兢、...
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主成分分析（PCA）& 主坐標(biāo)分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點(diǎn)圖）導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis茂缚，PCA)，也稱(chēng)主分量分析或主成分回歸分析法列敲，是一種無(wú)監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法阱佛。PCA通過(guò)線性變換將原始...
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群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法戴而，分化指數(shù)越大凑术，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較所意。用于衡量種群分化程度淮逊，取值從0到1催首，為0則認(rèn)為兩...
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SNP位點(diǎn)注釋基本概念 SNP：?jiǎn)魏塑账岫鄳B(tài)性主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。 SNP位點(diǎn)注釋?zhuān)侯櫭剂x也就是把SNP位點(diǎn)信息和基因組信息相關(guān)聯(lián)泄鹏，比如有多...
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單體型網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建——Haplotype Network基本概念 單體型：又稱(chēng)單倍體型或單元型郎任，是個(gè)體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因备籽。擁有特定SNP的個(gè)體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因舶治，這種關(guān)系叫做...
