軟件安裝 剪切位點(diǎn)強(qiáng)度計(jì)算 支持 suppa2, rMATS輸出結(jié)果扯旷∨钠ぃ可直接計(jì)算各位點(diǎn)強(qiáng)度得分楞抡。該軟件是對(duì)MaxEntScan(http://hollywood.mit.ed...
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可變剪切位點(diǎn)強(qiáng)度計(jì)算[自用] -
使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問(wèn)題時(shí)，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如颅筋，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛输枯。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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Seurat包------標(biāo)準(zhǔn)流程單細(xì)胞學(xué)習(xí)入門教程议泵，里面的東西可以反復(fù)琢磨，標(biāo)準(zhǔn)分析基本上就這么多內(nèi)容桃熄。教程中提到了大量的資源介紹先口，參數(shù)含義解讀，甚至高級(jí)部分的簡(jiǎn)潔版算法介紹瞳收，結(jié)果解讀碉京，可視化方法，以及數(shù)據(jù)...
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10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與10X單細(xì)胞ATAC聯(lián)合分析之Seurathello螟深，大家好谐宙，這是第一次和大家分享有關(guān)10X單細(xì)胞和10XATAC的聯(lián)合分析，我們這一次來(lái)深入看一下10X單細(xì)胞和10XATAC的聯(lián)合分析方法（Seurat）界弧。 Int...
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使用Trinity 軟件進(jìn)行拼接（無(wú)參轉(zhuǎn)錄組）文章背景（此背景非彼背景） 本文主要是對(duì)Trinity軟件的背景凡蜻、安裝以及參數(shù)做一個(gè)詳細(xì)的介紹搭综。別問(wèn)為什么沒(méi)有接著做 02——轉(zhuǎn)錄組分析——軟件下載；因?yàn)榘l(fā)現(xiàn)師兄留下來(lái)的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序--閑言碎語(yǔ) 時(shí)代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后划栓，連車尾燈都看不見(jiàn)兑巾。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時(shí)，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了忠荞。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序蒋歌，顧...
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單端測(cè)序與雙末端測(cè)序問(wèn)題
問(wèn)題 Paired-End測(cè)序與Mate-Pair測(cè)序相對(duì)于單端測(cè)序有何優(yōu)勢(shì)？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關(guān)系委煤？它們是如何參與拼接和比對(duì)的呢堂油？ M...
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外顯子、內(nèi)含子碧绞、mRNA,CDS區(qū)別關(guān)于基因理論知識(shí)補(bǔ)充：外顯子称诗、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別 1头遭、DNA復(fù)制：以DNA為模板，在DNA聚合酶的催化作用下癣诱，將四種游離的dNTP按照堿基互補(bǔ)配對(duì)原則合成新鏈DNA...
