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【生信實(shí)戰(zhàn)】最詳細(xì)的非模式物種的GO/KEGG富集分析全攻略
有時(shí)候不得不感慨膏执，時(shí)間已經(jīng)來(lái)到了2024年的尾聲你踩，但是對(duì)于許多非模式的物種來(lái)說(shuō)，各種工具、數(shù)據(jù)集、參考等等依然還在寒冬。今天帶大家手動(dòng)的構(gòu)建屬于...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】從馬賽克到4K篮绿，極度震撼的Visium HD空間轉(zhuǎn)錄組近日10X終于發(fā)布了他們擁有亞細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品，并給出了一些列的測(cè)試數(shù)據(jù)吕漂。今天帶大家進(jìn)行一些基本的探索與實(shí)戰(zhàn) 1 數(shù)據(jù)下載 這里筆者選...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點(diǎn)啥細(xì)胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及亲配，越來(lái)越多的課題開(kāi)始使用這一技術(shù)。當(dāng)前惶凝，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見(jiàn)的技術(shù)吼虎。然而，10X V...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】scRNA單細(xì)胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋完全指導(dǎo)手冊(cè)隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及苍鲜，越來(lái)越多的課題組開(kāi)始使用單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行自己的課題研究思灰。然而，在單細(xì)胞的注釋上混滔，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實(shí)...
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GATK太慢洒疚？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付目前，隨著測(cè)序成本的降低坯屿，越來(lái)越多的WGS/WES項(xiàng)目開(kāi)始普及油湖，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來(lái)的計(jì)算緩慢問(wèn)題也越發(fā)凸顯领跛。這里和大...
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【生信基礎(chǔ)】深入理解FPKM/TPM乏德，只有GTF文件如何將count轉(zhuǎn)為FPKM/TPM相信學(xué)習(xí)生信的小伙伴不難發(fā)現(xiàn)，在定量的時(shí)候大多的文章或者公司的結(jié)果都有這幾種定量的方式：FPKM（RPKM）吠昭，TPM喊括，CPM(RPM)還有cou...
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【生信實(shí)戰(zhàn)】只會(huì)GO/KEGG胧瓜，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行富集分析REACTOME 是一個(gè)開(kāi)源、放開(kāi)瘾晃、人工整理并經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)贷痪。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化幻妓、可解釋的分析蹦误，以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究肉津、基因...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】如何進(jìn)行一步到位的fastq到差異分析强胰，kallisto拯救你(一)傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉，無(wú)非是質(zhì)控 -> 比對(duì) -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達(dá)基因功能富集分析這個(gè)套路妹沙。目前...
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋(píng)果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了偶洋，不少同學(xué)也是用上了新的macbook，m1芯片的優(yōu)點(diǎn)我們已經(jīng)有目共睹距糖。雖然新版本的R的...