有時(shí)候不得不感慨雀监,時(shí)間已經(jīng)來到了2024年的尾聲辈灼,但是對(duì)于許多非模式的物種來說旬牲,各種工具割择、數(shù)據(jù)集蚤吹、參考等等依然還在寒冬球榆。今天帶大家手動(dòng)的構(gòu)建屬于小眾物種的富集分析全攻略娃兽。 1...
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@dab0d5db93de 關(guān)于這個(gè)其實(shí)官網(wǎng)提到了菇民,The fq2bam tool requires at least 38 GB of GPU memory by default; the --low-memory option will reduce this to 16 GB of GPU memory at the cost of slower processing.
可以使用--low-memory參數(shù),這樣可以在16GB的顯存下計(jì)算
GATK太慢投储?利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付目前第练,隨著測(cè)序成本的降低,越來越多的WGS/WES項(xiàng)目開始普及玛荞,也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器娇掏,但是大數(shù)據(jù)帶來的計(jì)算緩慢問題也越發(fā)凸顯。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
免費(fèi)使用勋眯,提供付費(fèi)的商業(yè)支持
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近日10X終于發(fā)布了他們擁有亞細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品,并給出了一些列的測(cè)試數(shù)據(jù)闽巩。今天帶大家進(jìn)行一些基本的探索與實(shí)戰(zhàn) 1 數(shù)據(jù)下載 這里筆者選擇了10X給到的小鼠的腦組織進(jìn)...
背景:?jiǎn)渭?xì)胞VDJ的背景钧舌、原理等。 1.為什么做單細(xì)胞VDJ涎跨? 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的,除了腫瘤細(xì)胞會(huì)發(fā)生頻繁的DNA突變崭歧。因此隅很,常規(guī)的單細(xì)胞研究不用關(guān)心D...
隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及,越來越多的課題開始使用這一技術(shù)。當(dāng)前叔营,以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)屋彪。然而,10X Visium由于技術(shù)本身的局限性...
隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及绒尊,越來越多的課題組開始使用單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行自己的課題研究畜挥。然而,在單細(xì)胞的注釋上婴谱,商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實(shí)際的需求蟹但,甚至得到牛頭不對(duì)馬嘴...
目前谭羔,隨著測(cè)序成本的降低华糖,越來越多的WGS/WES項(xiàng)目開始普及,也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器瘟裸,但是大數(shù)據(jù)帶來的計(jì)算緩慢問題也越發(fā)凸顯客叉。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
測(cè)序上游分析系列: mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline:從raw r...
edgeR and DESeq2, part2-獨(dú)立過濾 ? 過濾低read計(jì)數(shù)的基因兼搏,又名獨(dú)立過濾(Independent Filtering)。 ? ...
作者沙郭,Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運(yùn)用方向:轉(zhuǎn)錄佛呻、蛋白 ST最適合回答三種生物問題:首先可以闡明組織的細(xì)胞類型組成;第二類問題與細(xì)胞相互作用有關(guān)棠绘;最后可以幫助闡明...
brew lust gcc路徑中g(shù)cc后面跟著的大版本就是
如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了,不少同學(xué)也是用上了新的macbook氧苍,m1芯片的優(yōu)點(diǎn)我們已經(jīng)有目共睹夜矗。雖然新版本的R的新版本和cran上的標(biāo)準(zhǔn)包如g...
用readxl包里面有read_excel
【R實(shí)戰(zhàn)】如何優(yōu)雅智能的畫出帶標(biāo)注的火山圖本來說這期是要更新LncRNA鑒定思路的,但是看到上一期人氣低迷让虐,就暫時(shí)晚點(diǎn)在弄了紊撕,這次就來跟大家分享一下火山圖 什么是火山圖? 顧名思義赡突,火山圖就是一個(gè)長(zhǎng)得有點(diǎn)像火山的圖形...
已知的直接通過gtf去選擇類型為lncRNA的对扶,然后可以用gffread提取已知的序列。當(dāng)然這個(gè)和不同的gtf有關(guān)惭缰,需要你自己先去觀察你的gtf哪類是lnc
【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA鑒定思路與軟件比較分析1.非編碼RNA簡(jiǎn)介 非編碼RNA是一類被認(rèn)為不具備編碼能力RNA浪南,目前已知的已經(jīng)有十多種,主要包括了:小RNA(sRNA) <40nt漱受、小干擾RNA络凿、miRNA(18-24...
小小的眼睛里,裝著……大大的疑惑 全文2800字,傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded絮记、reverse-stranded摔踱、un-stranded 這個(gè)問題的理解給...
相信學(xué)習(xí)生信的小伙伴不難發(fā)現(xiàn)怨愤,在定量的時(shí)候大多的文章或者公司的結(jié)果都有這幾種定量的方式:FPKM(RPKM)派敷,TPM,CPM(RPM)還有count等等撰洗,這些究竟該如何使用篮愉,...
REACTOME 是一個(gè)開源了赵、放開潜支、人工整理并經(jīng)過同行評(píng)審的通路數(shù)據(jù)庫(kù)。目標(biāo)是為各個(gè)通路提供可視化柿汛、可解釋的分析冗酿,以支持基礎(chǔ)研究、臨床研究络断、基因組分析裁替、建模、系統(tǒng)生物學(xué)等貌笨。 ...
data.table語法介紹 因?yàn)檫@篇文章主要是data.table弱判,所以在詳細(xì)對(duì)比之前,先來介紹一下dplyr的情況 dplyr的優(yōu)點(diǎn)在于語法優(yōu)雅锥惋,符合人的邏輯昌腰,簡(jiǎn)單易懂;...