一只煙酒僧

一、一代測(cè)序的結(jié)果以*.ab1和*.seq儲(chǔ)存晒衩，其中*.seq文件可以使用記事本打開(kāi)硅蹦，儲(chǔ)存的是測(cè)序的序列結(jié)果（ATCG序列菩颖，而且是峰值最高的信號(hào)所代表的堿基）誓琼，而*.ab1文...

luly

LD衰減距離指的是抓韩，當(dāng)平均LD系數(shù)衰減到一定大小(最大值的一半/0.5以下）的時(shí)候讶迁，對(duì)應(yīng)的物理距離连茧。通常用LD衰減距離來(lái)描述LD衰減速度。LD衰減速度越快巍糯，即衰減距離越小啸驯，說(shuō)...

花生學(xué)生信

LD（Linkage Disequilibrium）連鎖不平衡是指在一對(duì)基因座或基因組區(qū)域中，兩個(gè)或多個(gè)等位基因的組合頻率與它們?cè)陔S機(jī)組合假設(shè)下的期望頻率之間存在顯著差異鳞贷。簡(jiǎn)...

隨緣鴻珠

一坯汤、什么是單倍型？ 在單倍型分析前搀愧，首先需要明白什么是單倍型惰聂、什么是基因單倍型？ 一般來(lái)講咱筛，所謂的單倍型是指同一染色體上不同變異位點(diǎn)的各種線(xiàn)性組合形式搓幌。那么基因單倍型自然就是...

BeeBee生信

按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多迅箩。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值溉愁，DESeq2 分析差異基因。這里把...

愛(ài)學(xué)生信的小菜雞

前言 我在猶豫是否補(bǔ)充一篇怎樣拆分染色體進(jìn)行比對(duì)和變異檢測(cè)（主要是為了提高比對(duì)和變異檢測(cè)效率）的帖子饲趋。開(kāi)始沒(méi)有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點(diǎn)：一是內(nèi)容比較簡(jiǎn)單拐揭，覺(jué)得可能用處不大；二...

xuzhougeng

接著上一篇留下的問(wèn)題奕塑，如何按照以1M為窗口堂污，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)結(jié)果為例龄砰，我們來(lái)增加這條線(xiàn) 原...

陳牛牛

在使用雜交群體定位QTL的過(guò)程中反镇，交換單株的選擇是至關(guān)重要的。 首先需要明白什么是交換單株娘汞。父本植物（基因型為AA）與母本植物（基因型為BB）雜交歹茶，得到的F1代含有來(lái)自A與B...