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全轉(zhuǎn)錄組
什么是全轉(zhuǎn)錄組魂毁？ 全轉(zhuǎn)錄組是指細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有類型RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（non-coding RNA，ncRNA）。目...
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定量蛋白質(zhì)技術(shù)策略定量蛋白質(zhì)組學(xué)主要有兩種策略： 標(biāo)記定量（Label）非標(biāo)記的定量（Label Free） 標(biāo)記定量： 體內(nèi)標(biāo)記（如 SILAC）體外標(biāo)記（如 ...
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RNA-seq數(shù)據(jù)矯正-樣本內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)化RNA-seq是通過NGS技術(shù)來檢測基因表達(dá)量值戳；但是由于不同基因的長度不同，不同批次數(shù)據(jù)的測序量不同，原始的count值（raw count）不...
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轉(zhuǎn)錄組對(duì)基因表達(dá)量進(jìn)行計(jì)數(shù)(Htseq揖铜、featureCounts）對(duì)基因進(jìn)行定量，首先需要計(jì)算出比對(duì)到各個(gè)基因的read counts达皿，得到?jīng)]有校正的表達(dá)矩陣天吓。在基因?qū)用娴腸ount計(jì)數(shù)的工具：Htseq-co...
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有參轉(zhuǎn)錄組比對(duì)到參考基因組一、下載參考基因組和參考基因注釋文件構(gòu)建 可以從UCSC峦椰、Ensembl龄寞、NCBI下載，但是要注意參考基因組與注釋文件得配套汤功。 1物邑、Ensemb...
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ubuntu的python環(huán)境配置比如tophat2在python3的環(huán)境下就會(huì)有如下錯(cuò)誤 在python2的環(huán)境下就能正常運(yùn)行
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使用cutadapt去除接頭引物在對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)控的時(shí)候發(fā)現(xiàn)reads有接頭數(shù)據(jù)，所以要對(duì)其就行去除滔金。 官網(wǎng) https://cutadapt.readthedocs.io/en/s...
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使用fastqc進(jìn)行質(zhì)控
高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具FastQC旨在提供一種簡單的方法色解，對(duì)來自高通量測序管道的原始序列數(shù)據(jù)進(jìn)行一些質(zhì)量控制檢查。它提供了一組模塊化的分析...
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差異表達(dá)基因Venn韋恩圖文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)1餐茵、為什么要畫韋恩圖科阎？ 在對(duì)兩個(gè)或多個(gè)樣品之間基因集合比較，查看多少基因是幾個(gè)樣品共有忿族，多少基因是幾個(gè)樣品特有锣笨，基因之間的交集是怎樣的，我們會(huì)采...