發(fā)簡信
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python計算矩陣SVD要計算一個矩陣的奇異值分解（SVD）并得到對角矩陣 窝革，以及正交矩陣育瓜，可以使用如 NumPy 這樣的科學(xué)計算庫救鲤。NumPy 提供了一個 np.li...
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SEACells 代碼學(xué)習(xí) （2）
Archetypal Analysis 是一種用于數(shù)據(jù)分析的技術(shù)弄抬，它旨在找出數(shù)據(jù)集中的“極端類型”或“原型”（archetypes）队秩，并將每個數(shù)...
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SEACells 代碼學(xué)習(xí) （1）
來自：SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from s...
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輸出Matrix Market Format的文件
Matrix Market FormatMatrix Market格式是一種標準的文本文件格式奈嘿，用于存儲和描述稀疏和稠密矩陣暮胧。在稀疏矩陣的情況下...
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單細胞泞边，根據(jù)bam文件進行quantification
這里我們關(guān)注到： 這段代碼的功能是： 檢查 gene 是否已經(jīng)在 gene_count_dict[sub_prop] 字典中该押。如果不在，為這個基...
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學(xué)習(xí)寫python包-訓(xùn)練模型（scimilarity不使用pytorch lightning）
要使用純 PyTorch 訓(xùn)練模型阵谚，而不是依賴于 PyTorch Lightning蚕礼，需要手動實現(xiàn)訓(xùn)練循環(huán)、驗證梢什、測試步驟以及優(yōu)化器的配置奠蹬。 準...
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學(xué)習(xí)寫python包——data_models.py
scDataset 類 這段代碼定義了 scDataset 類，它是一個用于表示單細胞數(shù)據(jù)集的 Python 類嗡午。這個類繼承自 torch.ut...
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學(xué)習(xí)寫python包——scimilarity作為參考
要學(xué)習(xí)如何訓(xùn)練一個模型囤躁，特別是在指定的 scimilarity 項目中，首先需要了解項目的整體結(jié)構(gòu)和每個文件的作用。以下是一個推薦的學(xué)習(xí)順序狸演，以...