1姻檀、在overleaf[https://www.overleaf.com/]中新建一個references.bib文件吱雏，用于保存參考文獻(xiàn)列表 2、使用 獲取bibtex格式引...
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Overleaf——使用 bibtex 批量生成 bibitem 內(nèi)容 -
python計算矩陣SVD要計算一個矩陣的奇異值分解（SVD）并得到對角矩陣 兜粘，以及正交矩陣，可以使用如 NumPy 這樣的科學(xué)計算庫涨颜。NumPy 提供了一個 np.linalg.svd 函數(shù)沐兵，它能夠...
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SEACells 代碼學(xué)習(xí) （2）
Archetypal Analysis 是一種用于數(shù)據(jù)分析的技術(shù)曙旭，它旨在找出數(shù)據(jù)集中的“極端類型”或“原型”（archetypes），并將每個數(shù)據(jù)點表示為這些原型的混合或組合...
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SEACells 代碼學(xué)習(xí) （1）
來自：SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell geno...
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輸出Matrix Market Format的文件
Matrix Market FormatMatrix Market格式是一種標(biāo)準(zhǔn)的文本文件格式晶府，用于存儲和描述稀疏和稠密矩陣桂躏。在稀疏矩陣的情況下，每個非零元素由其行索引郊霎、列索...
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單細(xì)胞沼头，根據(jù)bam文件進(jìn)行quantification
這里我們關(guān)注到： 這段代碼的功能是： 檢查 gene 是否已經(jīng)在 gene_count_dict[sub_prop] 字典中。如果不在书劝，為這個基因創(chuàng)建一個新的空字典进倍。然后，使...
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學(xué)習(xí)寫python包-訓(xùn)練模型（scimilarity不使用pytorch lightning）
要使用純 PyTorch 訓(xùn)練模型购对，而不是依賴于 PyTorch Lightning猾昆，需要手動實現(xiàn)訓(xùn)練循環(huán)、驗證骡苞、測試步驟以及優(yōu)化器的配置垂蜗。 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)集和數(shù)據(jù)加載器（Data...
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學(xué)習(xí)寫python包——data_models.py
scDataset 類 這段代碼定義了 scDataset 類，它是一個用于表示單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的 Python 類解幽。這個類繼承自 torch.utils.data.Datase...
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學(xué)習(xí)寫python包——scimilarity作為參考
要學(xué)習(xí)如何訓(xùn)練一個模型贴见，特別是在指定的 scimilarity 項目中，首先需要了解項目的整體結(jié)構(gòu)和每個文件的作用躲株。以下是一個推薦的學(xué)習(xí)順序片部，以及每個文件可能扮演的角色： i...
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學(xué)習(xí)寫python包__init__.py
導(dǎo)入模塊和檢查 Python 版本 這部分代碼首先導(dǎo)入了 subprocess 和 sys 模塊。subprocess 用于執(zhí)行外部進(jìn)程霜定，而 sys 提供了訪問與 Pytho...
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查看Dataloader object里的內(nèi)容
我們load了一個data iter后档悠，怎么知道里面的內(nèi)容呢？一個方法： 另一個方法： 需要知道它們的shape怎么辦呢：
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構(gòu)建一個簡單的pytorch數(shù)據(jù)迭代器
摘抄自dive into dpl望浩。 這個 load_array 函數(shù)是用于在PyTorch中創(chuàng)建數(shù)據(jù)加載器（DataLoader）的實用函數(shù)辖所。它將數(shù)據(jù)數(shù)組（例如特征和標(biāo)簽）轉(zhuǎn)...
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什么時候使用.backward()
在PyTorch中，.backward() 方法用于計算梯度磨德，這是神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練中的關(guān)鍵步驟缘回。以下是何時可以使用 .backward() 以及其工作原理的解釋： 何時可以使用 ...
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tidyverse學(xué)習(xí)
dplyr Here is the complete list of functions dplyr offers:select(): Select columns from...
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@小七_(dá)f535 一般不會呀，An MA-plot is a plot of log-intensity ratios (M-values) versus log-intensity averages (A-values). See Ritchie et al (2015) for a brief historical review. 計算公式是不一樣的剖张。
11.5-9 RNA-seq 數(shù)據(jù)差異基因的得到和可視化學(xué)習(xí)（一）
很倒霉切诀，電腦壞了。之前未完成的rna-seq數(shù)據(jù)下載和mcscan不能繼續(xù)進(jìn)行了搔弄。 最近要在網(wǎng)上直接下載rna-seq的txt數(shù)據(jù)幅虑，所以主要學(xué)習(xí)一下如何挑選出差異基因，之后進(jìn)...
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UpSetR：集合可視化神包對于集合的可視化顾犹，第一時間想到的都是韋恩圖（venn diagram）倒庵，一般集合不超過5個的時候褒墨，可視化效果還是不錯的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如說五個的時候擎宝，你就很難從圖中解...
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創(chuàng)建transcript to gene mapping file
使用bioconductor會很簡單郁妈。我們只需要： 之后就可以在salmon，kallisto等軟件中使用啦绍申。 但是噩咪，得到的文件可能并不是和我們在ensemble上下載的gt...
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單細(xì)胞測序CITE-seq cell hashing
Cell hashing是一種在單細(xì)胞rna測序平臺上實現(xiàn)樣本多線程和超負(fù)載的方法，由紐約基因組中心的技術(shù)創(chuàng)新實驗室與Satija實驗室合作開發(fā)极阅。 Cell Hashing ...
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一些linux命令行學(xué)習(xí)
1 less more 命令胃碾， cat vim 命令也可以查看文本2 grep -B指定輸出包括匹配到的前多少行，比如 -B1就是前一行筋搏； -A指定輸出包括匹配到的后多少行...