clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個強大的能進行多種功能富集的R包,對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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請一定看這里:寫下來只是為了記錄一些自己的實踐弄抬,當然如果能對你有所幫助那就更好了恃疯,歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標準化(normalization):D...
說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔胯陋,想當初小編初入生信大門時還專門百度查了一下熬芜,他就是南方醫(yī)科大學生物信息學系主任余光創(chuàng)教授社裆。Y叔在國際...
轉(zhuǎn)載自 LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標準 基因組組裝完成之后效览,就需要對最后的質(zhì)量進行評估迟蜜。我們希望得到的contig文件中刹孔,每個contig都能足夠的長,能夠有一個完整的基...
如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候娜睛,大家得到的序列都是單個基因的長度髓霞,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
論文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
ATACseq 基本原理如下圖所示畦戒。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)方库,結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當 DNA 需要復制或轉(zhuǎn)錄時障斋,結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露纵潦。暴露的 ...
最近遇到問題,要將annovar的結(jié)果轉(zhuǎn)為vcf垃环,然后用這個vcf對比另一個vcf邀层,找二者共有的變異。其實就是一個bedtools intersect的事遂庄,但是annovar...