單個(gè)樣本分析接上一篇：Python圖文復(fù)現(xiàn)2022||02-數(shù)據(jù)介紹與下載[http://www.reibang.com/p/51e49633a2a7]，結(jié)合視頻觀看效果更...
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Python單細(xì)胞復(fù)現(xiàn)2022||03-多樣本整合分析 -
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GWAS | 3. 群體結(jié)構(gòu)之PCA主成分分析前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)箭阶，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID晌端。先看一下最開始生成的VCF文件： 可以看到挡篓，I...
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對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選 1.vcfR簡(jiǎn)介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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單細(xì)胞測(cè)序分析: Seurat V3聯(lián)合harmony進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析#R包導(dǎo)入 #數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)下載pbmc_stim 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 #初始化Seurat 對(duì)象 使用Harmony之前婉陷，需要構(gòu)建一個(gè)Seurat對(duì)象帚称， 進(jìn)行一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的Seurat分析（...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下秽澳，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T闯睹，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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Stringtie的使用說(shuō)明
參考文獻(xiàn)：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多担神。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值楼吃，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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單細(xì)胞測(cè)序?qū)崙?zhàn)（第一部分）這次要練習(xí)的文章數(shù)據(jù)出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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一只健忘豬
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普通轉(zhuǎn)錄組將表達(dá)矩陣拆分成protein_coding和 lincRNAfeatureCounts設(shè)置了很多的參數(shù)，我的測(cè)序數(shù)據(jù)是RNA-seq亥贸，包含了mRNA=protein_coding RNA,LncRNA這些躬窜，所以，我想把它們區(qū)分開 特別...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads砌函，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA斩披，到表達(dá)矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads讹俊，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA垦沉，到表達(dá)矩陣【一】 到此時(shí)，原始...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個(gè)液滴包含超過一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變贩疙。通常如果上...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder起因：最近有個(gè)問題樣本讹弯，跑完cellranger，樣本的cellranger結(jié)果如下这溅，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)组民。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中，線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高悲靴，用scDb...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中臭胜，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外癞尚，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析耸三，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一浇揩、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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2021-05-24 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析一：多樣本合并與批次校正參考公眾號(hào)：生信會(huì)客廳 使用目錄向量合并 使用merge函數(shù)合并seurat對(duì)象 通過最后的dim和table函數(shù)查看數(shù)據(jù)仪壮，可以發(fā)現(xiàn)兩種方法得到的基因數(shù)和細(xì)胞數(shù)完全一樣。下面...
