最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集瞳购，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集照宝，另一種就是解析...
IP屬地：北京
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對應(yīng)信息
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個基于pyhton寫的GO富集小軟件呻顽，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化雹顺，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性的圖形廊遍，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
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突然發(fā)現(xiàn)一篇適合了解CRISPR-Cas9的中文綜述文章題目：CRISPR/Cas9全基因組篩選在生命科學(xué)中的應(yīng)用 文章鏈接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
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分級KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺上看到了這張KEGG富集信息圖嬉愧，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風(fēng)格~~image.png 準(zhǔn)備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件喉前、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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學(xué)會這三個包没酣，搞定R中的正則天下苦正則久矣王财，尤其當(dāng)字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個R包來解決這種正則帶來煩惱的包裕便，希望對大家能有所幫助绒净。 regexpla...
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SFINX: 一個基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關(guān)系平臺
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測結(jié)合(CoIP-MS)偿衰，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)挂疆，與CO-IP類似，它使用感興趣的誘...
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Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學(xué)中差異代謝物的識別仍然是一個巨大的挑戰(zhàn)下翎，并在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用缤言。由于分析、實(shí)驗(yàn)和生物的模糊性视事，代謝組學(xué)數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常值胆萧，但目前可用的差異代謝物識別...
