本篇簡單介紹3D基因組在近期主流的兩個獲得數(shù)據(jù)的手段：Hi-C及ATAC-seq仆救。 首先需要理清幾個概念： 1. 染色體疆域（Territory）：指每條染色體都占據(jù)著一個獨...
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#3D基因組 #表觀遺傳 -
經(jīng)典表觀遺傳現(xiàn)象
位置花斑效應(yīng)PEV 某些細胞由于染色體倒位或轉(zhuǎn)座蓝撇，導(dǎo)致有些基因移至異染色質(zhì)附近镀钓，導(dǎo)致基因沉默 eg.果蠅存在紅白相間的復(fù)眼榔至；源于同一代酵母傳代后會有紅白相間的菌落 機制 >w...
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真核原核生物常用的啟動子分類
寫在前面最近踩了一個啟動子的大坑耗绿，一氣之下就把常規(guī)的所有啟動子都做了個總結(jié)杨箭，希望自己往后不會犯這種錯誤膝蜈，并且對其他同學也有個提示和科普作用鹅心。另外的這次經(jīng)驗教訓(xùn)也讓我學到维贺，盲目...
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什么樣的組織適合做空間轉(zhuǎn)錄組？空間轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)在復(fù)雜的生理巴帮、病理條件（直接切片還是有設(shè)計地切片溯泣？）下研究不同位置區(qū)域細胞的異質(zhì)性虐秋，特別是針對腫瘤和干細胞生物學，發(fā)掘具有獨特分子特征的細胞群落垃沦，研究其對信號...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》單細胞流程這篇文獻是今年12月份發(fā)的客给，也就是一個星期前，是劉小樂教授推薦閱讀的 推特地址： 本篇文章講解了單細胞RNA-seq的一般分析流程肢簿，當然文中還推薦了分析的課程：單細胞課程[h...
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單細胞分析文獻分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.nature.com/articles/...
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網(wǎng)頁數(shù)據(jù)抓取工具靶剑，webscraper 最簡單的數(shù)據(jù)抓取教程，人人都用得上Web Scraper 是一款免費的池充，適用于普通用戶（不需要專業(yè) IT 技術(shù)的）的爬蟲工具桩引，可以方便的通過鼠標和簡單配置獲取你所想要數(shù)據(jù)。例如知乎回答列表收夸、微博熱門坑匠、微博評論...
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cellranger實戰(zhàn)2：非正常數(shù)據(jù)之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式，然后利用sra-tools分為read卧惜、barcode+UMI厘灼、index三個fastq.gz文件。最后直接...
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一種實用的研究分子間體內(nèi)互作實驗方法-ChIRP
CHIRP(ChromatinIsolation by RNAPurification)是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法咽瓷，可同時分析lncRNA/circR...
