安裝前要先安裝好依賴的軟件送火！

1拳话、RepeatMasker、TRF种吸、RMblast

在正式安裝RepeatModeler主程序之前弃衍，需要提前配置好其依賴的工具。

2坚俗、RECON

conda install RECON　　　　#自動(dòng)配置在conda環(huán)境中?什么意思镜盯？
#最后也沒有找到這個(gè)軟件的所在位置，也不知道安裝成功沒有猖败，看最后跑的時(shí)候再說吧速缆。

3、RepeatScout

conda install RepeatScout
#已安裝

4辙浑、可選軟件激涤，運(yùn)行LTR結(jié)構(gòu)搜索必須軟件

LtrHarvest（是GenomeTools套件的一部分，安裝genometools即可。這一步一直不太好用倦踢。）

 wget https://github.com/genometools/genometools/archive/v1.6.2.tar.gz
tar -zxvf genometools-1.6.2.tar.gz
cd genometools-1.6.2
make 64bit=yes threads=yes cairo=no -j4
#一直在報(bào)錯(cuò)
最后的

MAFFT

wget http://genometools.org/pub/genometools-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf genometools-1.6.1.tar.gz
cd genometools-1.6.1
make threads=yes  #設(shè)置多線程模式
make prefix=/nfs_home/chenx/software/genometools-1.6.1 install
# 已安裝
conda install -c bioconda mafft
#已安裝

Ltr_retriever送滞，解壓即可使用

wget https://github.com/oushujun/LTR_retriever/archive/master.zip
unzip LTR_retriever-master
#已安裝

cd-hit可以用conda安裝

conda install -c bioconda cd-hit
#已安裝

Ninja

wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/master.zip
unzip master.zip && cd NINJA/
sudo make
#沒有權(quán)限

5、RepeatModeler

可以用conda 安裝

conda install RepeatModeler

也可用手動(dòng)安裝辱挥，比較麻煩犁嗅。

cd RepeatModeler-2.0.2a
chmod -R 755 *
perl ./configure

報(bào)錯(cuò)，缺少prel的模塊 URI 和 LWP::UserAgent

Screen Shot 2021-12-15 at 15.12.02.png

image.png

“perl ./configure”執(zhí)行后晤碘，根據(jù)提示信息一步步來褂微。

首先是perl環(huán)境，推薦使用/usr/bin環(huán)境下的perl园爷，即系統(tǒng)perl宠蚂，使用conda中的perl后面總出問題⊥纾回車?yán)^續(xù)求厕。
RepeatModeler安裝路徑，默認(rèn)自動(dòng)指定安裝路徑扰楼，回車?yán)^續(xù)呀癣。
指定RepeatMasker的安裝路徑，回車?yán)^續(xù)弦赖。
指定RECON的安裝路徑项栏，回車?yán)^續(xù)。
指定RepeatScout的安裝路徑蹬竖，回車?yán)^續(xù)沼沈。
指定NSEG的安裝路徑，回車?yán)^續(xù)案腺。
指定TRF的安裝路徑（這個(gè)同時(shí)也是RepeatMasker安裝必需的）庆冕，回車?yán)^續(xù)。

最后是序列搜索引擎（這個(gè)同時(shí)也是RepeatMasker安裝必需的）劈榨，例如我們這里選擇2访递，指定RMBlast主程序所在路徑，回車返回主界面后同辣，再選擇3拷姿，就完成了。
你也可以指定多種序列搜索引擎后旱函，再選擇3响巢，不過實(shí)際運(yùn)行時(shí)，一次只能選擇一種序列比對(duì)方式棒妨。

這時(shí)會(huì)有提示：
這個(gè)版本的RepeatModeler可以檢測(cè)LTR的結(jié)構(gòu)踪古，是否配置，可以根據(jù)需要自行選擇。若需要就按y伏穆，然后根據(jù)提示選擇路徑完成配置拘泞。

image.png

這就完成RepeatModeler的安裝。

終于把一些列的環(huán)境添加完了枕扫，最后配置環(huán)境變量陪腌。

#例如，我的RepeatModeler安裝路徑是在“/home/my/software/RepeatModeler-open-1.0.11”
export PATH=/home/my/software/RepeatModeler-2.0.1:$PATH
 
#這時(shí)候沒啥問題的話應(yīng)該可以看到幫助界面了
RepeatModeler -h![Screen Shot 2021-12-15 at 15.09.50.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/25957618-b671b9a0a322ff89.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

參考原版
作者：東風(fēng)008
鏈接：http://www.reibang.com/p/bccdc3c68ace