背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)畦浓。 優(yōu)點：利于分類整理結果。 兩類測序bias 長度bi...
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關于readsCount炫掐、RPKM/FPKM睬涧、RPM(CPM)、TPM的理解
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方便快捷的smallRNA數(shù)據(jù)分析流程前言 ??今天來跟大家分享一個smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]。這個流程是...
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方熱圖 - 偽三維Emmm, 今天的主圖， 寫在前面 博士畢業(yè)論文中环壤，使用的樣品包括： 不同的類型 / 或者說不同的組織 不同的時間 / 或者說時間序列所以，是一個多X多的設計郑现。對于這類實驗設...
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R繪圖 | 兩組genes的累積曲線分布比較攒读！
出發(fā)點： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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bamtofastq 將bam文件轉(zhuǎn)成fastq文件目標 通常比對好的bam，如果需要重新比對废累，需要將文件轉(zhuǎn)成原始的測序文件的格式fastq。通過bedtools中的bamtofastq 能夠?qū)⑽募D(zhuǎn)成fastq bedtoo...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學習IGV的時候?qū)戇^兩篇推文，當時簡單做了了解掖看，但有朋友說意猶未盡匣距，嗯我也這么覺得哎壳，總覺得還是學的不夠。推薦閱讀：https://github...
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【陳巍學基因-3】small RNA-seqMicro RNA參與許多的生命調(diào)節(jié)過程，是近十年來的一個研究重點蹲坷。 這次介紹：1.small RNA建庫測序方法2.small RNA的生物信息學分析 表達量差異分析 聚類...
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生信介紹-資源分享與匯總
1. linux 學習：http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/ 2.python：http...
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bedtools intersect簡單介紹整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具县匠。本文只對使用的工具用法進行簡單介紹。 一般而言，我們獲得了MACS的peak calling結果時乞旦，我們會想探...
