一些生物信息學用到的軟件拣技,工具,介紹用法安裝以及以及應用的文章
?? 測序組裝使用的Spades耍目、canu等等
?? 序列比對比如blast膏斤、bowtie、diamond等
?? 多序列比對比如mega邪驮、clustalW莫辨、matff等
?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS毅访、MISO
?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版
?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree沮榜、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等
?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK喻粹、bcftools等
?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o蟆融、QIMME
?? 測序質(zhì)量評估的FastQC、BUSCO守呜、QUAST
?? 可視化工具比如IGV型酥、3D Genome
?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit山憨、ascp等
?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos
等等