文章題目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organel...
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文獻(xiàn)筆記七十二：Chloroplot~葉綠體基因組圈圖可視化的新工具 -
群體結(jié)構(gòu)推斷軟件FastStructure安裝的詳細(xì)指南
此款軟件是基于SNP位點(diǎn)進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)的推斷凹蜂，運(yùn)行速度比較快一些弟头，本文主要介紹它的詳細(xì)安裝步驟踊跟。一踩验、安裝fastStructure的依賴包和庫(kù)：C...
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R可視化：'patchwork:合并多個(gè)R圖的包''patchwork:合并多個(gè)R圖的包' patchwork是基于gglot2的拼圖包，它使得基于ggplot2的圖形更容易拼接在同一個(gè)圖層。 ...
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multiple whole genome alignment寫在前面：在上億年的進(jìn)化歷程中箕憾，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變牡借。從小的核苷酸突變、插入袭异、缺失到大的基因缺失钠龙、重復(fù)、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移扁远】∮悖基因組比...
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R可視化：使用R的circlize包繪制樣本-物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖R作圖-使用circlize繪制樣本物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖 circlize圖也即是弦圖能較好展示樣本物種豐度關(guān)聯(lián)關(guān)系，先前從lyao222lll博...
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十節(jié)課畅买，BRIG軟件帶你玩轉(zhuǎn)比較基因組圈圖???Hello并闲，小伙伴們，大家好谷羞！ 還在為CG View Server帝火，GeneWiz browser等網(wǎng)址限制比較基因組數(shù)目而苦惱嗎？...
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MECAT2: 三代高效組裝工具
MECAT2是三代測(cè)序數(shù)據(jù)PacBio的高效組裝工具湃缎，是之前MECAT的改進(jìn)版, 修復(fù)了之前的很多bug, 使用基于string graph的f...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要犀填，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】TooManyCells識(shí)別并可視化單細(xì)胞進(jìn)化枝簡(jiǎn)介： https://www.nature.com/articles/s41592-020-0748-5 https://www.biorxi...
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基因組瀏覽器、BAM文件可視化工具（1）--- Tablet在高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的處理中（例如嗓违，在重測(cè)序研究九巡、組裝結(jié)果的re-mapping校正中），我們經(jīng)常會(huì)將測(cè)序reads與參考序列進(jìn)行比對(duì)（常見的如BW...
專題公告
一些生物信息學(xué)用到的軟件蹂季，工具冕广，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章
?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等
?? 序列比對(duì)比如blast偿洁、bowtie撒汉、diamond等
?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW涕滋、matff等
?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools睬辐、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS、MISO
?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版
?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree宾肺、ggtree等
??...
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