Introduction TaxonKit[https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/chinese/]是一個(gè)用于處理生物分類學(xué)數(shù)據(jù)的命令行工具。...
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R調(diào)用Taxonkit展示系統(tǒng)發(fā)育信息 -
R進(jìn)階使用技巧Introduction 分享一些R進(jìn)階使用的技巧，相當(dāng)于是之前寫的R語言學(xué)習(xí)[../r-learning]的實(shí)踐和總結(jié)了厌小。 Online slide: https://as...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize chordDiagram 高級用法前言 默認(rèn)風(fēng)格的 chordDiagram() 已經(jīng)可以滿足大部分需求了远剩，下面我們介紹一些更高級別的圖形配置 使用 1. 軌跡的排布 chordDiagram() 函數(shù)默認(rèn)會...
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宏基因組分箱（binning）｜2. MetaWRAP實(shí)戰(zhàn)深入binningIntroduction 上一篇里通過Metabat2了解了宏基因組分箱的關(guān)鍵步驟忽舟，這篇文章將介紹一個(gè)更全面的binning流程：MetaWRAP的具體使用方法揍异。 MetaW...
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宏基因組分箱（binning）｜1.Metabat實(shí)戰(zhàn)了解binningIntroduction 宏基因組學(xué)是直接從環(huán)境樣本（如土壤创淡、水另绩、腸道內(nèi)容物等）中回收遺傳物質(zhì)并進(jìn)行研究的學(xué)科儒陨，無需對個(gè)體生物進(jìn)行分離或培養(yǎng)花嘶。這一領(lǐng)域的研究為我們提供了對微生...
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R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（進(jìn)階）上次已經(jīng)介紹過了使用R繪制系統(tǒng)發(fā)育樹的基本用法[http://www.reibang.com/p/b6c4d3376bc9]，也埋下一個(gè)小坑：復(fù)現(xiàn)文章里好看的樹蹦漠，現(xiàn)在過來填...
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Slurm集群使用基礎(chǔ)Introduction 我們在做生物信息分析時(shí)椭员，對于大規(guī)模的上游數(shù)據(jù)的處理，一般需要在大型服務(wù)器或集群上進(jìn)行笛园。我最早接觸并使用的是一個(gè)基于SLURM調(diào)度系統(tǒng)的集群隘击，在此記錄...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類的速度非逞忻快埋同，且隨序列量線性增長（2024.03.12...
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使用FastANI與Skani計(jì)算平均核苷酸一致性(ANI)Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），它是一種用來比較兩種基因組之間相似度的方法棵红。ANI 主要用于...
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生信博士生一枚凶赁，分享科研代碼，經(jīng)驗(yàn)逆甜。推文一般很長虱肄，努力將一個(gè)問題講全面，感謝你的耐心閱讀交煞。