最近在后臺有不少讀者留言想要了解一下網(wǎng)狀meta分析涛癌，而我恰好前兩天幫一位醫(yī)生朋友處理了一次連續(xù)型變量的網(wǎng)狀meta分析厌处，那么本文我將以其中的部分數(shù)據(jù)為例，向大家詳細展示一下...
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用R語言進行連續(xù)型變量的網(wǎng)狀meta分析--詳細教程 -
TCGA / 癌癥簡稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對照
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱，簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
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數(shù)據(jù)挖掘課1.0之R與R Studio【R與R Studio】2021.10.111、R語言是一門用函數(shù)處理數(shù)據(jù)的編程語言清女。 2钱烟、RStudio是R語言的集成開發(fā)環(huán)境，打開后頁面可見腳本編輯器（寫代碼的地方）嫡丙、控...
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各物種轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載和可視化一拴袭、?? 玉米: ZEAMAP[http://www.zeamap.com/zmap_tissue_expression]，需要注冊才能下載tsv數(shù)據(jù)迄沫。Zeamap Tissu...
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R語言實踐二之數(shù)據(jù)預處理稻扬、探針I(yè)D轉(zhuǎn)換、探針去重
目標二：數(shù)據(jù)預處理羊瘩，探針I(yè)D轉(zhuǎn)換泰佳，探針去重1、數(shù)據(jù)預處理自動log2化尘吗，解釋 以上代碼在GEO官網(wǎng)可查逝她。 2、探針基因名轉(zhuǎn)換platformMap.txt中有常見的平臺各R注...
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R語言實踐一之下載GEO數(shù)據(jù)
目標一：下載GEO數(shù)據(jù)睬捶，以GSE42872為例方法一：通過加裝GEOquery包黔宛，使用getGEO函數(shù)可以得到對應(yīng)GEO好的表達矩陣，注釋信息擒贸，樣本信息等臀晃。 此步驟Run后下...
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2021-06-26 芯片數(shù)據(jù)的均一化和探針注釋如何判斷芯片表達矩陣是否需要均一化 以GSE43292為例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4329...
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如何成功getGEO通過加載GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對應(yīng)GEO號的表達矩陣介劫，注釋信息徽惋，樣本信息等。以GSE76275為例座韵。 然而由于網(wǎng)絡(luò)等問題险绘，getGEO函數(shù)可能會出錯...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘01-數(shù)據(jù)下載及提取表達矩陣
作者：白介素2 這一節(jié)的內(nèi)容包括應(yīng)用 GEOquery包下載芯片數(shù)據(jù)，提取表達矩陣誉碴，提取metadata信息宦棺。解決一個探針對應(yīng)多個基因的問題 GEO數(shù)據(jù)下載-GEOquery...
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用tidyr包進行長數(shù)據(jù)和寬數(shù)據(jù)的相互轉(zhuǎn)換
筆記說明 tidyr包是一個用于整理數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的r包，也是tidyverse的核心包之一黔帕。本次筆記介紹tidy data代咸、長數(shù)據(jù)、寬數(shù)據(jù)的相關(guān)概念以及用于長數(shù)據(jù)成黄、寬數(shù)據(jù)相互轉(zhuǎn)換...
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R語言練習2.0之四種方法獲取行和列
2021.9.22中秋節(jié)后新的練習開始啦~練習用的是“nycflights13”的數(shù)據(jù)侣背。 目標：學習數(shù)據(jù)選取的三種思維模式 【一】通過位置獲取 【二】通過行名和列名獲取 20...
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R語言雜談（五）---處理數(shù)據(jù)框
## 如何了解一個數(shù)據(jù)框 ## 看頭 head(exprSet) ##前6行 head(exprSet)[,1:5] ##選取1-5列 ## 看尾 tail(exprSet)...
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R語言小白入坑練習1.02021.9.16題目：已有信息ensembl_id白华，找到對應(yīng)的基因名(symbol)思路：通過ensembl_id確定gene_id，再通過gene_id確定symbol贩耐。...
