在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)，我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中俊卤，對象是常見的铣卡，數(shù)據(jù)是多維的角骤，往往是一張核心表及其附屬讥邻。我們對一張表是熟悉的夷野，Excel極大...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù) -
【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式蒿辙，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫拇泛。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)， 內(nèi)容構(gòu)成思灌，對象的調(diào)用俺叭、操作，常見函數(shù)的應(yīng)用等习瑰。 1. 單細(xì)胞seu...
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腫瘤外顯子全流程notesPart0背景知識 Q：什么是外顯子測序呢绪颖？A：外顯子組測序是指利用序列捕獲或者靶向技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA富集后再進行高通量測序的基因組分析方法。外顯子組包含約1%的...
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實操舊號無故被封甜奄，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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Seurat重要命令匯總
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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小試牛刀——學(xué)會開Seurat函數(shù)“盲盒”
水有源柠横，故其流不窮；木有根课兄，故其生不窮牍氛。 長期以來，我們的單細(xì)胞分析僅僅停留在調(diào)包烟阐、套函數(shù)搬俊、……，這個過程會“蒙住”我們的眼睛蜒茄，有些時候我們需要知道每個函數(shù)究竟在干什么才能夠...
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sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程: Using sctransform in Seurat本教程介紹了Seurat包與sctransform 包一起分析時候的一般方法唉擂。首先你也許會問：sctransform包是用來干嘛的？ 這是一個值得關(guān)心和探討的問題檀葛，我也將做一...
