發(fā)簡(jiǎn)信
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會(huì)發(fā)現(xiàn)，我們?cè)诤鸵惶仔碌睦砟畲蚪坏赖寐恕Ｔ谶@套理念中陨献，對(duì)象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的懂更，往往是一張核心表及其附屬眨业。我們對(duì)一張表是熟悉的，Excel極大...
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【單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識(shí)Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式膜蛔，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫坛猪。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)脖阵， 內(nèi)容構(gòu)成皂股，對(duì)象的調(diào)用、操作命黔，常見函數(shù)的應(yīng)用等呜呐。 1. 單細(xì)胞seu...
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腫瘤外顯子全流程notesPart0背景知識(shí) Q：什么是外顯子測(cè)序呢坠宴？A：外顯子組測(cè)序是指利用序列捕獲或者靶向技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA富集后再進(jìn)行高通量測(cè)序的基因組分析方法洋魂。外顯子組包含約1%的...
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優(yōu)雅地做一名極客
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實(shí)操舊號(hào)無故被封副砍，小號(hào)再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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Seurat重要命令匯總
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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南京大學(xué)生物學(xué)豁翎，佛系更新~
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小試牛刀——學(xué)會(huì)開Seurat函數(shù)“盲盒”
水有源角骤，故其流不窮；木有根心剥，故其生不窮邦尊。 長(zhǎng)期以來，我們的單細(xì)胞分析僅僅停留在調(diào)包优烧、套函數(shù)蝉揍、……，這個(gè)過程會(huì)“蒙住”我們的眼睛畦娄，有些時(shí)候我們需要知道每個(gè)函數(shù)究竟在干什么才能夠...
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sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程: Using sctransform in Seurat本教程介紹了Seurat包與sctransform 包一起分析時(shí)候的一般方法疑苫。首先你也許會(huì)問：sctransform包是用來干嘛的？ 這是一個(gè)值得關(guān)心和探討的問題纷责，我也將做一...
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Seurat 基礎(chǔ)知識(shí)
（一）Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 版本：3.1.5 直接輸入Seurat object的名稱再膳，我們可以得到類似如下內(nèi)容： An object of class Seurat 13...
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Seurat Weekly NO.2 || 我該如何取子集挺勿？Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個(gè)群是合適的？喂柒！ 在過去的一周里Seurat社區(qū)在github總提問數(shù)...
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Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個(gè)群是合適的不瓶？！Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞 在過去的一周里Seurat社區(qū)在github總提問數(shù)由上周的3066上升到3090灾杰，當(dāng)然有同一問題反復(fù)討論的情況蚊丐，也有之前...
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周運(yùn)來麦备，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥昭娩，穩(wěn)健凛篙，瀟灑，大方栏渺，靠譜呛梆。一段生信緣，一棵技能樹磕诊。生信技能樹核心成員填物，單細(xì)胞天地供稿人纹腌，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家滞磺。
