生信雀

多重序列比對（Multiple-Sequence-Alignment , MSA）應(yīng)該是序列分析中最為基礎(chǔ)的操作了糖权，筆者之前發(fā)了很大筆墨介紹了MAFFT這款軟件的使用（MAF...

Ruta

舉個栗子??： 最近對擬南芥中的一個叫做CBF的基因非常感興趣惩坑，現(xiàn)在我想看看這個CBF基因在一個新測序的物種Am基因組上是否存在店量，Am中有幾個CBF基因滥朱？這樣的查找可以通過本地...

北歐森林

假設(shè)有reader1 和reader2鞍历，分別對一定數(shù)量病人的某一影像指標(biāo)進(jìn)行評分乌询，現(xiàn)在想看一下這兩位研究者評分的一致性，繪制Bland-Altman圖是一種較為直觀矢赁、簡單的方...

科研那點事兒

數(shù)據(jù)及基礎(chǔ)圖形的繪制 1、數(shù)據(jù)——以R自帶數(shù)據(jù)集iris為例 2撩银、基于ggplot2包繪制散點圖 局部放大效果的實現(xiàn) 1给涕、加載包——主要基于ggforce包實現(xiàn)圖形的局部放大...

生物GO

1、中國抗疫早在一年前就已經(jīng)勝利额获，現(xiàn)在的新冠完全就是另一種冠狀病毒够庙。只不過國家為了保護(hù)我們，政策堅持到現(xiàn)在咪啡。 2首启、現(xiàn)在的新冠病毒是從南非免疫力低下的人群中暮屡，通過定向進(jìn)化篩選出...

研究僧小藍(lán)哥

“進(jìn)化樹的構(gòu)建怎么操作撤摸？”“那肯定是用MEGA啊褒纲！” 可是真的好麻煩啊准夷，要先比對再建樹，然后再進(jìn)行各種美化莺掠，習(xí)慣了R就用R解決吧衫嵌。 簡單Google之后發(fā)現(xiàn)R有現(xiàn)成的包可以完...

美式永不加糖

本文是對前幾天的打臉打臉之處就在于發(fā)現(xiàn)了muscle的R包，從此不用再為序列比對東奔西跑—— Step 1. 從基因名拿到序列 這一步用到的包：biomaRt 彻秆，選擇用sym...