最近工作很忙惹骂，忙的喘不上氣的感覺惠奸，對人生又多了很多感慨，不管未來怎樣，還是要堅(jiān)定的走下去。 從一個(gè)做DM的朋友哪里了解到sas程序員這個(gè)工作，開始也沒有太在意,直到兩年后，和...
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SAS程序員——CRO職場小白日記 I
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絮絮叨叨，神經(jīng)大條的婆婆博主职祷。分享SAS程序員相關(guān)知識氏涩，記錄大學(xué)畢業(yè)后的方方面面。Plus分享生活有梆，分享感想是尖。賬號定位:追求將知識點(diǎn)講的通俗易懂，不追求高深莫測
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半路出家自學(xué)的生信,研一做過一年實(shí)驗(yàn),然后主要做數(shù)據(jù)分析。目前研究方向?yàn)楸碛^遺傳修飾痰催。主要工作為分析轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)及相關(guān)二代高通量測序數(shù)據(jù)兜辞。學(xué)習(xí)新的東西是艱難的,但感覺是快樂的,加油,生信人!
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生信逸吵、AI、大數(shù)據(jù)缝裁、育種扫皱。MiyuanBiotech
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香港大學(xué)博士韩脑，手握保溫杯但不資深的科研狗氢妈，開發(fā)18個(gè)R包，運(yùn)營生信公眾號biobabble扰才。
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@LRivers 用法是 python get_ASprofile_ref_hdrs.py path/species.genome.fa species允懂，如果是人類可以輸入 python get_ASprofile_ref_hdrs.py Homo_sapiens.GRCh38.99.dna.primary_assembly.fa Homo_Sapiens
哪里可以獲得.hdrs文件厕怜？
extract-as 簡介 該腳本需要兩個(gè)參數(shù)： 轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的 gtf 文件 基因組長度統(tǒng)計(jì)文件衩匣，后綴為 .hdrs，內(nèi)容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-10-25
報(bào)錯(cuò) 解決辦法 如果需要導(dǎo)入的文件較少琅捏，可以手動轉(zhuǎn)換成 .csv 或 .txt 格式，再用相應(yīng)的函數(shù)導(dǎo)入递雀； 可以試試 read. table() 后記 雖然問題解決了柄延，但是始...
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2021-09-29gffcompare 這個(gè)報(bào)錯(cuò)真讓我 yue 了！ 報(bào)錯(cuò) 不對缀程，怎么報(bào)錯(cuò)了搜吧？我前面也用了這個(gè)命令，能成功運(yùn)行把畲铡滤奈？ 經(jīng)過 那有錯(cuò)也還得解決啊，還能咋辦撩满？ 把“老三套”獨(dú)立解決報(bào)...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體蜒程，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz伺帘，karyploteR昭躺，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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RSeQC判斷鏈特異性（strand-specific）對于strand-specific的RNA-seq而言伪嫁，我們必須得知道它是哪一種建庫方式领炫，才能進(jìn)行后續(xù)的定量分析。 stringtie: kallisto: 現(xiàn)在比較常用的方...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實(shí)戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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2021-07-19報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 報(bào)錯(cuò)原因 內(nèi)存不夠张咳，清點(diǎn)內(nèi)存就行了帝洪。 親測成功！ 寫在后面 這個(gè)報(bào)錯(cuò)信息顯示了四句話晶伦，檢索一句兩句碟狞，會檢索出很多內(nèi)容，有以下幾個(gè)方面： 單端數(shù)據(jù)用成了雙端的代碼婚陪，或...
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【Git】Learn Git Branching 總結(jié)
Learn Git Branching 總結(jié) 鏈接：https://learngitbranching.js.org 主要 基礎(chǔ)篇 1.Git Commit 2.Git Br...
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2021-06-25
注意 python 中族沃，一個(gè)需要特別注意的點(diǎn)。 gzip.open() 默認(rèn)的 mode 參數(shù)是 rb，即使設(shè)置 r脆淹，無論是否有額外的 b 常空，都會以 rb 的模式讀入。如果需...
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2021-06-24報(bào)錯(cuò) 解決辦法 對于內(nèi)存問題（如果你有一些很長的 reads盖溺，nanopore 肯定會觸發(fā)這些問題）漓糙，那么你可以嘗試添加 -t 2 （甚至大于 2）來強(qiáng)制 fastqc 擁有...
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哪里可以獲得.hdrs文件？
extract-as 簡介 該腳本需要兩個(gè)參數(shù)： 轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)的 gtf 文件 基因組長度統(tǒng)計(jì)文件烘嘱，后綴為 .hdrs昆禽，內(nèi)容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-05-12
今天在使用 conda activate 環(huán)境的時(shí)候，出現(xiàn)了如下報(bào)錯(cuò)： 在 github 上有個(gè)同樣的問題蝇庭，鏈接為：https://github.com/conda/cond...
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2021-04-25
今天在運(yùn)行 bwa mem 命令時(shí)醉鳖，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤提示： 報(bào)錯(cuò)是因?yàn)?ref.fa 文件里存在著空格、空行哮内，一般是出現(xiàn)在> 行盗棵。 這其實(shí)是一個(gè)很小的問題，但是很容易忽略北发，特別是...
