時間序列研究的是基因表達的動態(tài)行為勘究，測量的是一系列和時間點之間有強烈相關(guān)性的過程卖鲤。和針對某一時間點的基因表達進行差異分析不同，時間序列更加關(guān)注是發(fā)現(xiàn)基因表達的趨勢赫舒，以有助于理...
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maSigPro 處理時間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) -
芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了悉盆，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程馋吗。 假如你是小白焕盟，也剛剛了解NG...
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2022.06.25 | 轉(zhuǎn)錄組分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服務器中的操作）
1 ###文件下載 2 ## 循環(huán)把下載的所有sra文件都變?yōu)閒astq(雙端測序數(shù)據(jù)) 3 ### fastp質(zhì)量控制 4 ###參考基因組下載及建索引（如已有，忽略此步）...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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ggplot2畫富集分析圖耗美，帶縮短文本長度今天骨科一位學生問我他在做富集分析的時候京髓，得到的文字太長了，如何讓文字分開的問題商架，其實富集分析經(jīng)常會得到一些結(jié)果的標題很長很長堰怨，不管是barplot還是dotplot都會出現(xiàn)...
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R語言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定義：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一種基于基因集的富集分析方法， 用來評估一個預先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分...
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R語言配色方案——RColorBrewer包
R語言配色方案——RColorBrewer包 安裝并加載 四大函數(shù)功能 1蛇摸、首先運行下第一個函數(shù) 該函數(shù)運行的結(jié)果是查看所有可選調(diào)色板的列表备图。這里調(diào)色板很多我用head()只...
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TCGA Cox模型-訓練集、內(nèi)部驗證集赶袄、外部驗證集綜合構(gòu)建Cox風險模型①
2021.11.12 初版2021.11.16 更新單因素COX輸出結(jié)果揽涮，多了半邊括號...本系列主要用于通過使用訓練集（train）、內(nèi)部驗證集（test1組）饿肺、外部驗證集...
