scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01 -
RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理目前有多種方法可以進(jìn)行RNA velocity的分析： scVelo（參考文章：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具） velocyto （官網(wǎng):...
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暫別簡(jiǎn)書(shū)，后會(huì)有期
我不是老師，也不是大神，更不是前輩鼠锈。我只是個(gè)普通的科研工作者，一個(gè)只想努力變得更好的人。 來(lái)到簡(jiǎn)書(shū)快3年了么库，期間寫(xiě)了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時(shí)wfh的時(shí)候?qū)懙母视小Ｖ两?..
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單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已經(jīng)介紹過(guò)诉儒，參考單細(xì)胞測(cè)序的軌跡推斷[http://www.reibang.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件準(zhǔn)備...
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單細(xì)胞分辨率下腎細(xì)胞癌和微環(huán)境的多區(qū)域表征[10X單細(xì)胞聯(lián)合10XVDJ分析亏掀、Mutation Calling]hello忱反，大家好，我們的分析也慢慢進(jìn)入深水區(qū)了滤愕，很多方法需要聯(lián)合起來(lái)使用温算，如何靈活運(yùn)用各種方法，就需要我們的經(jīng)驗(yàn)和智慧了间影。今天分享的文獻(xiàn)在Multi-regional ch...
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使用xcell根據(jù)表達(dá)譜推斷樣本組成細(xì)胞的類型一般的組織樣本或者血液樣本并非單一細(xì)胞構(gòu)成注竿，其都存在異質(zhì)性，這種非單一成分樣本的測(cè)序?qū)儆赽ulk RNA-seq魂贬，測(cè)序的結(jié)果表示的也是組織整體上的動(dòng)態(tài)平均水平巩割。而在腫瘤異質(zhì)性...
