一姨蝴、4Dtv（四倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算 -
生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（二）：Survey數(shù)據(jù)質(zhì)控固蛾、NT比對(duì)寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1. Survey分析的目的 ...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（一）：基礎(chǔ)知識(shí)與基本思路寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班課堂筆記 1. Genome de nove 基礎(chǔ)知...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（三）：Kmer評(píng)估基因組寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Kmer定義 雜合Kmer...
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Jellyfish v2.2.10 安裝及使用 (2022.02.25)
安裝步驟 計(jì)算測(cè)序數(shù)據(jù)中的k-mer 示例命令： 參數(shù)說(shuō)明：count 計(jì)數(shù)模式-m 21 k-mer值設(shè)定為21-s 100M 儲(chǔ)存在Hash中的k-mer數(shù)量為100M-...
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Jellyfish-2的安裝與使用說(shuō)在前頭 啥是kmer厢漩？ kmer就是一條長(zhǎng)度為kbp的DNA string恢筝。 Jellyfish有啥用愈魏？ 計(jì)算輸入的基因組數(shù)據(jù)（fasta）呜呐、測(cè)序數(shù)據(jù)（fastq）等疮方，長(zhǎng)度...
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2021-01-04 基于k-mer進(jìn)行基因組大小估算的軟件-GCE(gce1.0.2)
使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評(píng)估 最近在嘗試做基因組大小的評(píng)估。嘗試了幾款軟件。今天介紹一下GCE的使用蒜茴。該軟件GCE(Genome Characteristics Esti...
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gce基因組特征評(píng)估 2019-07-24GCE下載安裝 在Linux系統(tǒng)下星爪，直接在下載鏈接ftp中下載安裝。 GCE主要包含兩個(gè)主程序：kmer_freq_hash矮男，用于k-mer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)移必；gce，用于基因組特征評(píng)...
