@老板拿兩盒鳳梨酥 可能是你的基因集確實沒有富集，還有就是可能你的物種和數(shù)據(jù)庫里的差距太大，在尋找同源基因的時候沒有找到，導(dǎo)致后邊沒有富集赞庶。
非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全澳骤，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息歧强，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
先獲得每個ko對應(yīng)的K的數(shù)量为肮，以文中的圖為例是ko00100對應(yīng)的K有663個摊册，然后可以用R語言獲得一個重復(fù)ko00100 663次的table，類似這種操作颊艳。
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@keep_8a60 KO號是不對應(yīng)物種的，選特定物種的時候在pathway那里應(yīng)該有organism的選項戒悠。
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@小明在做游戲 首先獲得每個ko對應(yīng)的K的數(shù)量累盗，以文中的圖為例是ko00100對應(yīng)的K有663個，然后可以用R語言獲得一個重復(fù)ko00100 663次的table突琳，類似這種操作若债。
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前言及背景 什么是基因組de?novo測序镜豹？其是對某一物種進(jìn)行高通量測序傲须，利用高性能計算平臺和生物信息學(xué)方法，在不依賴于參考基因組的情況下進(jìn)行組裝趟脂，從而繪制該物種的全基因組序...
我太不理解您所說的brite具體是指什么泰讽，其實pathway也是一個brite，較低層級的brite就是特定的酶昔期，一般是沒法富集的已卸，而更高層級的brite又太寬泛了，不適合于直接富集硼一。這是我個人的一個理解累澡，可以供您參考。
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關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.reibang.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結(jié)果整體不...
歡迎大家關(guān)注 生信菌 公眾號，后續(xù)內(nèi)容會同步發(fā)布到微信公眾號绩脆。 前言 又到了一年一度的畢業(yè)季萤厅，今年學(xué)術(shù)圈學(xué)術(shù)不端的大瓜不少，明星翟博士事件也是煽風(fēng)點火靴迫，疫情使得本來就“不...
這次用的數(shù)據(jù)是幾百個小鼠性狀的數(shù)據(jù)惕味。 一：安裝 打開Rstudio 二：運行 1.構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò) 2.尋找最佳 β 首先確定sftpowerEstimate = 6。還有ne...
第一步相當(dāng)于得到背景基因主守，后續(xù)做富基分析時再用差異基因做禀倔。
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@老楊_5843 是的，這一步是先把你自己的物種的基因或蛋白和KEGG數(shù)據(jù)庫中的做比對
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FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安裝 1. 下載fastqc安裝包（http://www...
當(dāng)二代測序的原始數(shù)據(jù)拿到手之后畏邢，第一步要做的就是看一看原始reads的質(zhì)量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...
最近更新2020.12.29 使用linux 時一些常用的小命令检吆，每次都要去查太費勁舒萎，所以把自己常用的命令總結(jié)出來 1. 查看cpu核心、內(nèi)存大小蹭沛、硬盤使用情況 cpu 核心...
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時咆贬，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個帚呼。主要參考了劉小澤的簡書掏缎，特別感謝一下！Ｃ荷薄眷蜈！ emapper首先得到注釋...
