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格物致知——卷積對于空間轉(zhuǎn)錄組分析過程中的反卷積缤骨，已經(jīng)是耳熟能詳了裙盾，但是對于正真理解卷積這個詞拟逮，還是存在一些距離氢拥，本身也是學習的態(tài)度去進行了檢索吕晌，正所謂眾里尋他...
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單細胞利用機器學習篩選重要基因本文嘗試利用機器學習模型中對特征值的篩選方法悦即，來篩選單細胞中不同亞型中關鍵的gene瓢捉。 1. 數(shù)據(jù)獲缺考伞： 為方便我們從單細胞分析seurat對象...
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單細胞與GWAS數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析復雜性狀的細胞類型表達特異性整合（CELLECT）是一個計算工具包蓝仲，用于識別復雜性狀潛在的可能病因細胞類型。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級模...
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空間轉(zhuǎn)錄組分析-scanpy淺析前言 本文嘗試粗淺了解scanpy模塊在空間轉(zhuǎn)錄組分析過程中官疲，簡單的標準流程以及數(shù)據(jù)在源碼的調(diào)用過程中進行的傳遞袱结，以及封裝下的底層函數(shù)的調(diào)用對象...
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空間轉(zhuǎn)錄組平臺為什么選擇空間轉(zhuǎn)錄組 1. 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析局限性 實驗組織要求分離完整且存活，導致一些研究對象被該技術拒之門外途凫。 細胞分離過程中的應激垢夹，死亡，...
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scRNA差異分析
前言 Seurat 包為我們的scRNA分析提供了三種進行差異分析的函數(shù)维费，并給到了我們它們不同的使用狀態(tài)果元，了解它們設定的不同目的，可以幫助我們...
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單細胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析-SCENIC1 簡介： 轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是與特定DNA序列結合 (TFBS/motif) 犀盟，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)...
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單細胞互作分析-cellphonedb前言： 大家好噪漾，今天我們一起學習一下如何利用CellphoneDB對單細胞分析結果進行互作分析，當前CellphoneDB的最新版本是4.0.0...
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如何下載sra數(shù)據(jù)且蓬，轉(zhuǎn)化fastq進行分析
前言 本文分享如何從NCBI數(shù)據(jù)庫下載我們需要的數(shù)據(jù)欣硼，進行我們自己的數(shù)據(jù)分析。該過程的思路相對清晰恶阴，主要需要完成以下三個步驟诈胜。 1. SRA I...