hello,上一篇文章中，10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積条摸，STdeconvolve）[http://www.reibang.com/p/d213c53ef003...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之十（RCTD） -
CIBERSORT：反卷積推測(cè)bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個(gè)新的分析方法-CIBERSORT，這個(gè)包其實(shí)很早就想學(xué)的代芜，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它浓利，那么它能干什么呢挤庇？它能夠推測(cè)出bulk RNA每一個(gè)樣本中...
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組間差異檢驗(yàn)钞速，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)嫡秕，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法渴语，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講昆咽，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒(méi)有差異驾凶，變量之...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受，終于有空再發(fā)點(diǎn)筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫(kù)分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)情況TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫(kù)也是用高通量測(cè)序(RNA-Seq表達(dá)譜)數(shù)據(jù)分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)情況掷酗，主要提供B...
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RNA-seq完整分析過(guò)程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí) 生信一百講 1调违、 Anaconda Anaconda是一個(gè)Python下和Canop...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-2：CellChat現(xiàn)在開(kāi)始學(xué)習(xí)第二個(gè)適用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的細(xì)胞通訊工具:Cellchat,也是比較常用的。相較于CellphoneDB的數(shù)據(jù)庫(kù)(配體-受體+多聚體),CellChat在模擬細(xì)...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下汇在，我安裝過(guò)程的慘痛經(jīng)歷??翰萨，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝糕殉，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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博士生指南 | 讀博路上那些忠告殖告，獻(xiàn)給你們阿蝶！
我們讀過(guò)所有的書(shū)都不會(huì)白讀，它總會(huì)在未來(lái)的某個(gè)場(chǎng)合黄绩，幫我們表現(xiàn)得更出色羡洁。 一、學(xué)術(shù)篇 01 不要對(duì)自己的潛力做太大指望 一開(kāi)始你會(huì)覺(jué)得你獲得諾獎(jiǎng)級(jí)別成果爽丹，后來(lái)你想著能發(fā) Na...
