這一個分析迄委，我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進化是單細胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度，我參與的課題...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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單細胞分析實錄(13): inferCNV結合UPhyloplot2分析腫瘤進化
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在原有的UMAP上標注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖。 3.將RNA velocit...
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使用HINT-ATAC進行ATAC-Seq的footprinting分析關于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學習筆記-18-scRNA包學習Monocle2劉小澤寫于19.9.2-第三單元第七講：使用scRNA包學習Monocle2筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術相關的分析技術課程鏈接在：h...
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Monocle2包學習筆記（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機器學習算法扳剿，來對單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析。Mono...
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GENIE3 || 基因調(diào)控網(wǎng)絡推斷前情提要：AUCell：在單細胞轉(zhuǎn)錄組中識別細胞對“基因集”的響應[http://www.reibang.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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單細胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權歸作者所有昼激，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者庇绽。 在上一期的《單細胞軌跡分析...
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單細胞軌跡（擬時間）分析軟件方法選擇指導原則作者：seqyuan鏈接：單細胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源：微信公眾號著作權歸作者所有锡搜，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 單細胞轉(zhuǎn)錄組瞧掺、蛋白組耕餐、表觀組學等單細胞技術的發(fā)...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析辟狈，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程肠缔，在發(fā)育相關研究中使用頻...
