前提： 群體callsnp的時(shí)候是按個(gè)體來生成gvcf的血柳，按染色體來合并gvcf更為快捷 然后合并 推薦可以使用一些并行的軟件工腋，大大加快call snp速度
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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gatk按染色體小帖士
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ATAC等恐、CUT&tag生物學(xué)重復(fù)callpeak筆記表觀組數(shù)據(jù)在call-peak的時(shí)候選取的方法還是很多的浪册，這里簡單記錄一下 1 先call-peak后取peak交集 可以使用 IDR統(tǒng)計(jì)一致性較好的peak然后bedtoo...
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作者大大你好春感，請問install.packages("./org.Cferus.eg.db/",repos=NULL,type="source")
* installing *source* package ‘org.Cferus.eg.db’ ...
** using staged installation
Error : DESCRIPTION文件不對
畸形維修人員域.
See section 'The DESCRIPTION file' in the 'Writing R Extensions'
manual.
ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package ‘org.Cferus.eg.db’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library/org.Cferus.eg.db’
Warning in install.packages :
安裝程序包‘./org.Cferus.eg.db/’時(shí)退出狀態(tài)的值不是0
這種情況是不是因?yàn)槲业脑创a編譯問題呀喉钢，我是mac電腦。生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb
寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.reibang.com/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時(shí)光機(jī)[https://www.jiansh...
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parallelLastz使用初探
parallelLastz使用初探 嘗試計(jì)算一下保守性分?jǐn)?shù)件余，但是教程推薦軟件lastz[https://www.biochen.org/cn/blog/]不支持并行肝谭，還是得與...
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大佬，config.json里面的target與queries一定是要contig與refence這種順序嗎蛾扇。
結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定--smartie-sv與bayestyper
最近一直在折騰結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定，SV的鑒定軟件雖然很多魏滚，但是在最近的兩篇基因組文章里面镀首，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定--smartie-sv與bayestyper
最近一直在折騰結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定鼠次，SV的鑒定軟件雖然很多更哄，但是在最近的兩篇基因組文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper腥寇，其中smartie-sv主要用...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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你好赦役，請問我將contig升級為scaffold麻敌，發(fā)現(xiàn)里面還有很多沒有contig，加了-C 也沒有解決怎么辦呢
RagTag基于參考基因組的組裝和GeMoMa注釋
RagTag安裝及使用 說明書：http://www.reibang.com/p/c18f7cac43c6[http://www.reibang.com/p/c18f7c...
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章级历。感謝這些簡友整理的生信分析流程释移！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強(qiáng)的專題中了寥殖。望見諒玩讳！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看嚼贡。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq熏纯、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python编曼、perl豆巨、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法掐场，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來的流程 ?? ?? ??
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2019.8月中旬開始系統(tǒng)自學(xué)生信蝌戒，<br>自學(xué)路漫漫索性報(bào)個(gè)班串塑。<br><br>生信技能樹真的很棒！<br><br>這是我的一個(gè)學(xué)習(xí)筆記平臺北苟，點(diǎn)滴記錄桩匪。
