@林心青石 豐度（百分?jǐn)?shù)）是自己寫的办悟，但是你如果要對(duì)比可以用kraken2的-use-mpa-style輸出metaphlan的格式然后合并，這樣就可以直接對(duì)比看了
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1. 你可以確認(rèn)下你用的數(shù)據(jù)庫(kù)是不是夠全；
2. 宏基因組未分類的比例一般都挺高的瑰煎，也有可能跟你的樣本有關(guān)铺然。
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這也是一種豐度魄健，不過(guò)分母是你輸入的總數(shù)據(jù)量，如果符合你的設(shè)定也是可以的插勤；但是要注意下unclassified占比是不是高沽瘦，要不豐度整體偏低。
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是不是你命令有問(wèn)題，如果方便可以貼圖上來(lái)看看
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可能我沒(méi)太明白你問(wèn)題，這些都是在shell腳本
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@浪客劍心_90d1 這是你下載的db下沒(méi)有原始fa序列，可以換成第二種或第三種下載方式
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https://github.com/jenniferlu717/KrakenTools
這里可以下載，可以試試
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是的，reads數(shù)目；除以樣本總reads數(shù)也是一種豐度計(jì)算方法外潜；我常用的計(jì)算方法如下：
1. 先將不同分類（門原环、綱、目处窥、科嘱吗、屬、種）水平拆分開滔驾；
2. 計(jì)算每個(gè)分類水平物種的other谒麦，例如A屬（G）有n條reads，共鑒定出A_1（n_1條reads）和A_2（n_2條reads）兩個(gè)種（S）哆致，那A_other = n-（n_1+n_2）;
3. 再計(jì)算每個(gè)分類水平的總other绕德，為樣本總reads減去當(dāng)前分類水平的所有reads的和（包括每個(gè)物種的other）；
4. 然后再每個(gè)分類水平均一化一下就可以了摊阀；
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可以胞此，-use-mpa-style就是metaphlan2格式
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@生信記 更正下不加是樹狀結(jié)構(gòu)漱牵，上文“結(jié)果展示”是加了--use-mpa-style參數(shù)的結(jié)果樣式
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有的酣胀，上文也有寫
conda install -y bracken
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--use-mpa-style這個(gè)是report的輸出格式不同闻镶，可以加上和不加上看下report的格式截型，不加是一個(gè)樹狀的結(jié)構(gòu)的結(jié)果，不加就是上文提到的結(jié)果儒溉。
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自己頂一下
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