周運(yùn)來，男，長大了才會遇到的帥哥报强，穩(wěn)健，瀟灑，大方泥耀，靠譜。一段生信緣蛔添，一棵技能樹痰催。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人迎瞧，簡書創(chuàng)作者夸溶，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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簡書學(xué)習(xí)中
斜體加粗斜體加粗刪除線<www.baidu.com[http://www.baidu.com]> 標(biāo)題 還是標(biāo)題 有點(diǎn)小了 豬豬豬豬 print("hi") 我喜歡吃的水果橘...
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@3605226edf48 我的基因名比較特殊所以轉(zhuǎn)換了凶硅，時間太久遠(yuǎn)了
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾缝裁，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息足绅，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析捷绑。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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請問deseq2.R文件是如何獲得的？為什么我沒有這個文件
轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2
STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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【軟件填坑日記】服務(wù)器安裝OrthoFinder
OrthoFinder 鑒定直系同源基因编检，構(gòu)建物種樹的神器胎食，今天在服務(wù)器安裝了一次，踩了好多個坑允懂，終于安裝上了厕怜。 安裝方法 conda: conda install -c b...
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如何尋找同源基因---OrthoFinder
構(gòu)建物種的系統(tǒng)發(fā)育樹，計(jì)算kaks值或者比較基因組學(xué)和進(jìn)化的其他分析都少不了需要尋找同源基因。之前已經(jīng)介紹過Orthomcl的自動化使用粥航，Orthomcl也是目前引用最好的尋...
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搬磚的工人<br>
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你好杨凑，還可以分享一下測試文件和腳本嗎滤奈？這對我有很大的幫助。
Python 腳本提取基因組指定位置序列
測試fasta文件（無提取碼）：https://pan.baidu.com/s/1yYQNxty5hBdcpoA8xkrQUg 示例腳本（提取碼 cb10）：https://...
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Biopython學(xué)習(xí)筆記（四）訪問NCBI Entrez數(shù)據(jù)庫Entrez是一個檢索系統(tǒng)撩满，供人們訪問NCBI里各個數(shù)據(jù)庫蜒程。比如說：PubMed, GenBank, GEO等等。你可以通過網(wǎng)站來搜索你想要的內(nèi)容：https://www.n...
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@生信start_site 好吧 感謝伺帘！
Biopython學(xué)習(xí)筆記（三）Blast
使用BLAST通痴烟桑可以分成2個步。這兩步都可以用上Biopython伪嫁。第一步领炫，提交你的查詢 序列，運(yùn)行BLAST礼殊，并得到輸出數(shù)據(jù)驹吮。第二步针史，用Python解析BLAST的輸出晶伦，...
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@生信start_site 試了不同e值都是這個結(jié)果 最后設(shè)成0.1也是一樣的…感到疑惑
Biopython學(xué)習(xí)筆記（三）Blast
使用BLAST通常可以分成2個步啄枕。這兩步都可以用上Biopython婚陪。第一步，提交你的查詢 序列频祝，運(yùn)行BLAST泌参，并得到輸出數(shù)據(jù)。第二步常空，用Python解析BLAST的輸出沽一，...
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Biopython學(xué)習(xí)筆記（三）Blast使用BLAST通常可以分成2個步漓糙。這兩步都可以用上Biopython铣缠。第一步，提交你的查詢 序列，運(yùn)行BLAST蝗蛙，并得到輸出數(shù)據(jù)蝇庭。第二步，用Python解析BLAST的輸出捡硅，...
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大佬你好哮内，首先表達(dá)我的感謝，你的文章對我非常有幫助壮韭，按照相同的方法北发，我對一條蛋白序列進(jìn)行了blastp，得到九萬多條結(jié)果和xml文件喷屋，在后來對e值定義時鲫竞，無論我改成1e-5或是更大，輸出的結(jié)果總是只有幾條逼蒙，e值極小从绘，只到1e-122，這是輸出不完整嗎是牢？希望得到回復(fù)僵井，謝謝。
Biopython學(xué)習(xí)筆記（三）Blast
使用BLAST通巢道猓可以分成2個步批什。這兩步都可以用上Biopython。第一步社搅，提交你的查詢 序列驻债，運(yùn)行BLAST，并得到輸出數(shù)據(jù)形葬。第二步合呐，用Python解析BLAST的輸出，...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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@BioinfoFungi 應(yīng)該不會吧 因?yàn)槲业膅o富集分析做出來了 物種是水稻 也挺常見 最奇葩的是 我的genelist里有他具體的基因號 不知道為什么比對不少
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾，很多注釋不完全倘感，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息放坏，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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@BioinfoFungi 你好 我在最后一步出錯了 明明提供了相應(yīng)格式的基因名 卻總顯示no gene mapped 是因?yàn)槲乙患幕蛱賳幔ㄎ灏賯€左右）
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾老玛，很多注釋不完全淤年，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息犁珠，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
