小魚爸

15.1 前言 除了基因表達模式的變化之外，細胞組成（例如細胞類型的比例）也會在不同條件下發(fā)生變化伞剑。例如斑唬，特定藥物可以誘導細胞類型的轉(zhuǎn)分化，這將反映在細胞身份組合物中。需要足...

小魚爸

14.1 前言 本篇是細胞注釋章節(jié)的更詳細的延續(xù)赖钞，該章節(jié)已經(jīng)介紹了差異基因表達（DGE）作為用細胞類型注釋簇的工具腰素。在這里，我們重點關(guān)注更復雜的實驗設(shè)計中差異基因表達測試的更...

小魚爸

12.1 前言 單細胞數(shù)據(jù)集允許以高分辨率研究生物過程雪营，例如早期發(fā)育弓千。例如，雖然分析的是單個細胞而不是整個組織献起，但細胞表型的變化無法隨著時間的推移進行跟蹤洋访。這一事實源于單細胞...

小魚爸

11.1 前言 單細胞測序分析提供生物組織的高分辨率測量。因此谴餐，此類技術(shù)可以幫助破譯和理解細胞異質(zhì)性和生物過程的動態(tài)姻政。相應(yīng)的研究包括量化細胞命運以及識別驅(qū)動該過程的基因。然而...

小魚爸

10.7 基于圖的整合模型Graph-based integration 我們要介紹的下一個方法是BBKNNBatch-Balanced k-Nearest Neighbor...

小魚爸

10. 數(shù)據(jù)整合 10.1 總論 大多數(shù)scRNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個核心挑戰(zhàn)是批次效應(yīng)岂嗓。批次效應(yīng)是測量的表達水平的變化汁展，這是處理不同組或“批次”中的細胞的結(jié)果。例如厌殉，如果...

小魚爸

9.4 自動注釋 9.4.1 總論 這一篇討論的方法將是自動化的方法食绿，而不是手動注釋數(shù)據(jù)。與上一篇展示的方法不同公罕，這些方法中的每一種都可以使您以自動化的方式對數(shù)據(jù)進行注釋器紧。它...

小魚爸

9. 細胞注釋Annotation 為了更好地理解數(shù)據(jù)并利用現(xiàn)有知識，弄清楚數(shù)據(jù)中每個細胞的“細胞身份”非常重要楼眷。根據(jù)已知（或有時未知）的細胞表型標記數(shù)據(jù)中的細胞群的過程稱為...

小魚爸

8. 聚類Clustering 預處理和可視化使我們能夠描述我們的scRNA-seq數(shù)據(jù)集并降低其維度铲汪。到目前為止，我們嵌入并可視化了細胞以了解數(shù)據(jù)集的基礎(chǔ)屬性罐柳。然而掌腰，它們的...