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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十五篇：細(xì)胞組成分析15.1 前言 除了基因表達(dá)模式的變化之外褒纲，細(xì)胞組成（例如細(xì)胞類型的比例）也會(huì)在不同條件下發(fā)生變化。例如责嚷，特定藥物可以誘導(dǎo)細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)分化跑揉，這將反映在細(xì)胞身份組合物中惨好。需要足...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十四篇：差異基因表達(dá)分析14.1 前言 本篇是細(xì)胞注釋章節(jié)的更詳細(xì)的延續(xù)啃勉，該章節(jié)已經(jīng)介紹了差異基因表達(dá)（DGE）作為用細(xì)胞類型注釋簇的工具。在這里双妨，我們重點(diǎn)關(guān)注更復(fù)雜的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中差異基因表達(dá)測(cè)試的更...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十二篇：RNA velocity12.1 前言 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集允許以高分辨率研究生物過程淮阐，例如早期發(fā)育。例如刁品，雖然分析的是單個(gè)細(xì)胞而不是整個(gè)組織泣特，但細(xì)胞表型的變化無法隨著時(shí)間的推移進(jìn)行跟蹤。這一事實(shí)源于單細(xì)胞...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十一篇：擬時(shí)序分析11.1 前言 單細(xì)胞測(cè)序分析提供生物組織的高分辨率測(cè)量挑随。因此状您，此類技術(shù)可以幫助破譯和理解細(xì)胞異質(zhì)性和生物過程的動(dòng)態(tài)。相應(yīng)的研究包括量化細(xì)胞命運(yùn)以及識(shí)別驅(qū)動(dòng)該過程的基因兜挨。然而...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十篇：數(shù)據(jù)整合（二）10.7 基于圖的整合模型Graph-based integration 我們要介紹的下一個(gè)方法是BBKNNBatch-Balanced k-Nearest Neighbor...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十篇：數(shù)據(jù)整合（一）10. 數(shù)據(jù)整合 10.1 總論 大多數(shù)scRNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個(gè)核心挑戰(zhàn)是批次效應(yīng)膏孟。批次效應(yīng)是測(cè)量的表達(dá)水平的變化，這是處理不同組或“批次”中的細(xì)胞的結(jié)果拌汇。例如柒桑，如果...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第九篇：細(xì)胞自動(dòng)注釋9.4 自動(dòng)注釋 9.4.1 總論 這一篇討論的方法將是自動(dòng)化的方法，而不是手動(dòng)注釋數(shù)據(jù)噪舀。與上一篇展示的方法不同魁淳，這些方法中的每一種都可以使您以自動(dòng)化的方式對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋。它...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第九篇：細(xì)胞手動(dòng)注釋9. 細(xì)胞注釋Annotation 為了更好地理解數(shù)據(jù)并利用現(xiàn)有知識(shí)与倡，弄清楚數(shù)據(jù)中每個(gè)細(xì)胞的“細(xì)胞身份”非常重要界逛。根據(jù)已知（或有時(shí)未知）的細(xì)胞表型標(biāo)記數(shù)據(jù)中的細(xì)胞群的過程稱為...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第八篇：聚類8. 聚類Clustering 預(yù)處理和可視化使我們能夠描述我們的scRNA-seq數(shù)據(jù)集并降低其維度。到目前為止纺座，我們嵌入并可視化了細(xì)胞以了解數(shù)據(jù)集的基礎(chǔ)屬性息拜。然而，它們的...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第七篇：降維7. 降維Dimensionality Reduction 如前所述比驻，scRNA-seq是一種高通量測(cè)序技術(shù)该溯，可生成高維度細(xì)胞和基因數(shù)量的數(shù)據(jù)集。并非所有基因都具有信息性别惦，并...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第六篇：特征選擇6. 特征選擇Feature selection 6.1 前言 我們現(xiàn)在有了標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)表示狈茉，它仍然保留了生物異質(zhì)性，但減少了基因表達(dá)中的技術(shù)采樣效應(yīng)掸掸。單細(xì)胞RNA-seq數(shù)...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第五篇：歸一化5. 歸一化Normalization 5.1 前言 到目前為止氯庆，我們從數(shù)據(jù)集中刪除了低質(zhì)量細(xì)胞蹭秋、環(huán)境RNA污染和雙聯(lián)體，并且數(shù)據(jù)以“細(xì)胞 x 基因”數(shù)字矩陣的形式呈現(xiàn)堤撵，作為...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第四篇：質(zhì)控4. 質(zhì)控Quality Control 4.1 前言 選擇適合數(shù)據(jù)且不會(huì)過度校正或消除生物效應(yīng)的預(yù)處理方法至關(guān)重要仁讨。由于新的測(cè)序技術(shù)以及捕獲的細(xì)胞、測(cè)量的基因和識(shí)別的細(xì)胞群...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第三篇：分析框架和工具3. 分析框架和工具介紹 3.1 單細(xì)胞分析框架和強(qiáng)大系統(tǒng) 如前所述实昨，獲得計(jì)數(shù)矩陣后洞豁，探索性數(shù)據(jù)分析階段開始。由于數(shù)據(jù)的大小和復(fù)雜性荒给，需要專門的工具丈挟。雖然在單細(xì)胞分析的早期，...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第二篇：原始數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)生信代碼的朋友可以直接跳轉(zhuǎn)到下面2.7 實(shí)戰(zhàn)案例志电，有完整和詳盡的代碼和分析流程曙咽。 2. 原始數(shù)據(jù)處理 在本篇中，我們將介紹單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)數(shù)據(jù)的“預(yù)...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第一篇：基礎(chǔ)知識(shí)
最近準(zhǔn)備把單細(xì)胞RNA-seq生信分析的全部流程都完整詳細(xì)的介紹一邊挑辆，會(huì)很基礎(chǔ)全面例朱，所以內(nèi)容很多，會(huì)拆分成很多期鱼蝉，目標(biāo)是讓不同學(xué)科背景的同學(xué)洒嗤，看這一份寶典，就能真的完全學(xué)會(huì)單...