PopSizeABC的原理：1.根據(jù)觀測(cè)數(shù)據(jù)（真實(shí)數(shù)據(jù)）估算SFS和LD2.考慮了大量隨機(jī)種群歷史變化情景。對(duì)于每個(gè)歷史變化情景，都會(huì)模擬許多序列丁稀。這些序列可以反映相應(yīng)的歷史...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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PopSizeABC：一百萬(wàn)年至今的種群歷史模擬 demographic history -
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R語(yǔ)言PCA分析及作圖
https://blog.csdn.net/LuohenYJ/article/details/97950522[https://blog.csdn.net/LuohenYJ/...
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VCFtools的使用(參數(shù)說(shuō)明)
寫(xiě)在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)宏蛉，更需要對(duì)此格式對(duì)應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）。在多次花時(shí)間寫(xiě)腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)性置，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
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bcftools：根據(jù)染色體提取vcf中的信息
根據(jù)染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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理解vcf文件中的“0/1與0|1”
https://zhuanlan.zhihu.com/p/172499071[https://zhuanlan.zhihu.com/p/172499071]
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SNPs calling流程（GATK4）
http://www.reibang.com/p/f9c948a6c7de[http://www.reibang.com/p/f9c948a6c7de]
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SNP過(guò)濾教程（通用過(guò)濾）
https://zhuanlan.zhihu.com/p/65720484[https://zhuanlan.zhihu.com/p/65720484]
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GATK4.1 call SNP 和過(guò)濾
https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12487349.html[https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p...
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用GATK進(jìn)行二代測(cè)序數(shù)據(jù) SNP Calling 流程：（四）變異過(guò)濾
https://blog.csdn.net/Gossie/article/details/109320960[https://blog.csdn.net/Gossie/art...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
https://cloud.tencent.com/developer/article/1720656[https://cloud.tencent.com/developer...
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SNP過(guò)濾時(shí)常用參數(shù)的解析（群體遺傳）關(guān)于為何要進(jìn)行SNP的過(guò)濾： 第一拾并，低質(zhì)量和無(wú)信息的SNP會(huì)影響后續(xù)群體結(jié)構(gòu)或GWAS的分析結(jié)果，甚至影響后續(xù)對(duì)生物學(xué)問(wèn)題的解釋鹏浅；第二嗅义，群體研究時(shí)，由于測(cè)序的個(gè)體較多檢測(cè)出來(lái)...
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Linux 安裝 Singularity 3 容器與基本使用教學(xué)
https://blog.gtwang.org/linux/singularity-3-installation-and-usage-tutorial/[https://bl...
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深入了解snp-calling流程
https://ming-lian.github.io/2019/02/08/call-snp/[https://ming-lian.github.io/2019/02/08...
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GATK4 流程分析- 從fastq到vcf
GATK4 流程分析- 從fastq到vcf - Beccaliii的文章 - 知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/69726572[https:/...
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修改vcf文件中的染色體名
問(wèn)題描述 在生物信息分析過(guò)程中篡石，常常需要修改 vcf 染色體名稱芥喇，即刪除染色體名中的chr字符或添加chr字符到vcf文件中。 這里使用shell腳本和bcftools兩種方...
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苦逼的科研狗<br>記性不好所以一些東西就寫(xiě)下來(lái)加深印象械馆，正好分享給一些需要的朋友
